1912年，浙江医学专门学校成立。
1913年，更名为浙江省公立医药专门学校。
1927年8月，更名为浙江省立医药专门学校。
1931年8月，更名为浙江省立医药专科学校。
1939年8月，更名为英士大学医学院。
1943年，重新复名为浙江省立医药专科学校。
1947年6月，更名为浙江省立医学院。
1952年2月，与浙江大学医学院合并，更名为浙江医学院。
1958年8月，从浙江医学院中分离出来，改名为浙江第二医学院。
1958年10月，改名为温州医学院。
1958年，开始招收五年制本科学生，是全国首批硕士学位授予单位，具有博士学位授予权。
2013年，更名为温州医科大学。
本科专业（32个）
1 医学检验技术专业 检验医学院
2 生物科学类（生物技术、生物科学）专业 生命科学学院
3 海洋科学专业 生命科学学院
4 公共事业管理专业 人文与管理学院
5 市场营销专业 人文与管理学院
6 劳动与社会保障专业 人文与管理学院
7 法学专业 人文与管理学院
8 临床药理学 药学系
9 中药学系 药学院
10制药工程系 药学院
11 临床医学（MBBS） 国际教育学院
12 口腔医学（BDS） 国际教育学院
13 临床医学专业(含妇产科学方向) 第一临床医学院
14 医学影像学 第一临床医学院
15临床医学专业专升本 第一临床医学院
16 眼视光医学专业 眼视光学院
17 英语专业 外国语学院
18 日语专业 外国语学院
19 护理学 护理学院
20 运动人体科学专业 体育科学学院
21 临床医学专业 第二临床医学院
22麻醉学专业 第二临床医学院
23 中医学专业 第二临床医学院
24 康复治疗学专业 第二临床医学院
25 预防医学专业 环境与公共卫生学院
26 电子信息工程专业 信息与工程学院
27 计算机科学与技术专业 信息与工程学院
28 生物医学工程专业 信息与工程学院
29 信息管理与信息系统专业 信息与工程学院
30 法医学 基础医学院
31 生物学 基础医学院
32 病原生物学 基础医学院
现任校长：瞿佳
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