1951年，经昆明市卫生局批准开办昆明中医进修班。
1953年3月，在昆明中医进修班基础上，经上级批准，成立昆明中医进修学校，专门承办中医进修班。校长由昆明市卫生局副局长王之翰兼任。
1953年，昆明中医进修学校划归云南省卫生厅领导，校址迁至昆明市三合营原13号。
1957年1月，校址迁至昆明高峣办学，王天顺任校长。同年增设 “中医师资班”、“针灸师资训练班”、“中药调剂班”、“麻风防治干部训练班”和“卫生干部文化班”。
1958年7月1日，昆明中医进修学校更名为云南省中医学校，校址迁至昆明市平政街41号
1958年，学校增设“保育训练班”和两年制“西医离职学习中医研究班”，王多海担任校长，吴佩衡担任副校长，后由吴佩衡担任校长，王多海任党总支书记兼副校长。
1960年5月，云南中医学院正式挂牌成立，吴佩衡任首任院长。
1962年初，由于国家处于经济困难时期，云南中医学院面临停办危机。在周恩来总理的关怀下，云南中医学院得以保留。
1964年2月，学校校址迁至白塔路6号（原昆明第一卫生学校校址），占地30亩。
1971年至1976年，累计毕业三年制中医专业学生630人。
1987年9月12日，经上级批准，在昆明市官渡区关上镇双桥乡征地109亩，扩建学校。
1992年2月，中药系由白塔校区搬到关上校区办学，关上新校区正式启用。
1997年，学校党政部门全部搬到关上校区办公，自此关上校区成为校本部。
2005年，经上级批准，学校在呈贡新城雨花片区征地823.5亩进行校区建设。
2008年9月10日，呈贡新校区一期工程建成并投入使用，首批1750余名师生正式入驻新校区。
2009年3月1日，学院院本部全日制本专科生、研究生和留学生3000余人及教职员工近600余人正式入驻呈贡新校区。
2010年11月20日，学院在呈贡校区隆重庆祝建校50周年庆典活动。
本科专业医学9个
▪护理学 ▪康复治疗学 ▪中草药栽培与鉴定 ▪中药资源与开发
▪中药学 ▪药物制剂 ▪中西医临床医学 ▪针灸推拿学
▪中医学 ▪ ▪ ▪
工学3个
▪食品科学与工程 ▪制药工程 ▪计算机科学与技术 ▪
管理学2个
▪公共事业管理 ▪市场营销 ▪ ▪
文化教育大类1个
▪应用心理学 ▪ ▪ ▪
医药卫生大类2个
▪医学实验技术 ▪药学
现任校长：李玛琳
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