北京大学农学院
中国农业大学是我国现代农业高等教育的起源地，其历史起自于京师大学堂农科大学。1898年，中国近代意义上第一所国立综合性大学——京师大学堂建立，1905年，作为京师大学堂八个分科大学之一的农科大学开始筹建，这是形成中国农业大学的最早源头。
从1905年到1938年，学校经历了晚清、北洋和国民政府三个时期， 校名和组织机构也随政局变迁不断演变。
1914年2月，农科大学独立，改组为国立北京农业专门学校，以“教授农业高等学术，养成专门人才”为办学宗旨，是当时北京著名的国立八校之一。
1923年3月，北京农业专门学校改为国立北京农业大学。
1928年，国民政府改北京为北平，实行大学区制，将北京国立九校合并组建国立北平大学，农大旋即改为国立北平大学农学院。
1937年抗日战争爆发后，北平大学迁往西安，与北平师范大学和北洋工学院等院校组成西安临时大学。
1938年，国民政府教育部以“发展西北高等教育，提高边省文化”为由，命令西安临时大学南迁汉中，改为国立西北联合大学，临时大学农学院改为西北联大农学院。同年7月，西北联大农学院与国立西北农林专科学校合并，组建国立西北农学院。
1946年10月，北京大学在北平复学，于原北平大学农学院院址重建农学院。
1949年7月，辅仁大学农学院并入北京大学农学院。
清华大学农学院
中国农业大学的第二支源头是清华大学农学院。1921年，清华学校开办农科，设立作物学、果树园艺学、畜牧学等课程，以为志愿赴美学农之选修。1934年，清华大学创办农业研究所。在抗战期间，农业研究所先后在河北及云南地区开展了大量植物病理、生理和昆虫学调查和研究，培养储备了一批农业科学技术人才，在艰苦的战争年代里，为中国农业科学做出了宝贵的贡献。1946年，清华大学复员北平，以农业研究所为基础，正式成立农学院。
华北大学农学院
中国农业大学的第三支源头是华北大学农学院。学院前身是1940年中共中央创办的延安自然科学院生物系。1943年，延安自然科学院并入延安大学，1944年，自然科学院生物系改为农业系。内战期间，自然科学院向华北地区转移。1947年3月，为了“开展农村大生产运动，为战争和人民服务”，晋冀鲁豫边区以原自然科学院农业系为基础，在山西长治建立北方大学农学院。1948年7月，北方大学与华北联合大学合并成立华北大学，农学院随之改为华北大学农学院，迁往河北石家庄。
合并建校
北京农业大学
1949年9月29日，北京大学、清华大学、华北大学三所大学的农学院合并，组建成新中国第一所多科性、综合性的新型农业高等学府，并于1950年4月，正式命名为北京农业大学。
1954年和1984年，北京农业大学分别被国务院列为全国六所重点院校和全国重点建设的十所高等院校之一。
北京农业工程大学
1952年全国高校院系调整，北京农业大学农业机械系与中央农业部机耕学校、华北农业机械专科学校合并成立北京机械化农业学院。1953年1月，平原农学院部分师生并入北京机械化农业学院。同年7月，更名为北京农业机械化学院。1960年10月，学校进入全国64所重点大学行列。1985年10月北京农业机械化学院改名为北京农业工程大学。
中国农业大学
1995年9月，经国务院批准，北京农业大学与北京农业工程大学合并成立中国农业大学，成为一所规模更大、学科设置更趋综合化的新型农业大学，江泽民同志亲自为学校题写校名。
1998年，学校被列入国家重点建设“211工程”高校；2003年，学校进入国家重点建设的高水平大学“985工程”高校行列。
据学校官网2014年8月信息显示，学校共设有农学与生物技术学院、生物学院、资源与环境学院、动物科技学院、动物医学院、食品科学与营养工程学院、工学院、信息与电气工程学院、水利与土木工程学院、理学院、经济管理学院、人文与发展学院、思想政治教育学院、国际学院、体育与艺术教学部14个学院（部），有研究生院和继续教育学院，65个本科专业。
现任校长：柯炳生
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