1919年8月，借国民师范为校址,设立山西医学传习所。由时任山西省督军兼省长阎锡山创办。学校多次易名，数次迁址。
1932年1月，改为私立山西川至医学专科学校。
1940年3月，更名为山西大学医学专修科。
1946年8月，升格为国立山西大学医学院。新中国成立后，学校步入了一个崭新的发展时期。
1953年9月，独立建校，更名为山西医学院。1955年全国高校院系调整时，山西、江苏、山东、浙江四所医学院的卫生系合并组建了山西医学院卫生系，成为全国保留有卫生系的六所高等医学院校之一，并由全国著名卫生学专家、国家一级教授、原江苏医学院院长邵象伊担任院长。
1996年4月，更名为山西医科大学。
专业设置
截至2013年底，学校设有临床医学（五年制、七年制）、预防医学、法医学、口腔医学、医学影像学、麻醉学、护理学、药学、中药学、药物制剂、医学检验技术、生物制药、眼视光学、卫生检验与检疫、康复治疗、社会工作、信息管理与信息系统（医药方向）、公共事业管理（卫生事业管理方向）、劳动与社会保障、英语（医学方向）20个本科专业。其中，七年制临床医学专业是山西省唯一的长学制专业。
七年制 临床医学
五年制 临床医学
法医学
麻醉学
口腔医学
医学影像学
预防医学
四年制 护理学
眼视光学
劳动与社会保障
药学
生物制药
公共事业管理（卫生事业管理方向）
药物制剂
信息管理与信息系统（医药方向）
社会工作
英语（医学方向）
现任校长：段志光
