1958年，山东中医学院创建。
校门1978年，学校被确定为全国重点建设的中医院校。
1981年，学校被山东省政府列为省属重点院校，被国务院学位委员会批准为全国高等中医药院校首批学士和硕士学位授予单位。
1986年，学校获得博士学位授予权。
1996年，学校经原国家教委批准更名为山东中医药大学。
1998年，学校设立首个博士后科研流动站，同年被国务院学位委员会批准为首批临床专业硕士学位授予试点单位。
2000年，学校被批准为临床专业博士学位授予试点单位。
2007年，学校由济南市历下区主体迁至长清大学科技园，是山东省唯一一所独立设置的医药科大学，教育部本科教学工作水平评估优秀学校。
2012年，学校成为山东特色名校工程首批5所应用基础型特色名校之一。
院系专业
山东中医药大学基础医学院
中医学(七)
中医学(七)(传统型中医)
中医学(七)(中西医结合)
中医学(七)(针灸推拿)
中医学(七)(医药结合)
中医学(七)(中医学)
中医学(五)
中医学(五)(中医学)
中医学(五)(全科医学)
中医学(五)(骨伤科学)
中医学(五)(中医药文献信息工程)
中医学(五)(医药法学)
中医学(五)(中西医结合)
中医学(学分互认)
中医学(专升本)
中西医临床医学本科
康复治疗学本科
中医康复保健
山东中医药大学药学院
中药学本科
中药学本科(药学)
中药学(学分互认)
中药学(专升本)
药学本科
制药工程本科
制药工程本科(生物制药)
市场营销本科
市场营销(学分互认)
市场营销(专升本)
市场营销(运动员)
中草药栽培与鉴定本科
中药学专科
中药学互认后专科
中药资源与开发
市场营销专科
市场营销互认后专科
市场营销专科
中药经营与管理
山东中医药大学针灸推拿学院
针灸推拿本科
针灸推拿本科(英语)
针灸推拿本科(运动医学)
针灸推拿(专升本)
针灸推拿(学分互认)
营养学本科
针灸推拿专科
针灸推拿互认后专科
山东中医药大学护理学院
护理学本科
护理学本科(英语)
护理学(学分互认)
护理学(专升本)
护理学专科
护理学互认后专科
护理学专科
山东中医药大学人文社科学院
应用心理学本科
法学
山东中医药大学外国语学院 英语
山东中医药大学信息管理学院 信息管理与信息系统本科
山东中医药大学理工学院 生物医学工程本科
计算机科学与技术本科
眼视光学本科
山东中医药大学体育艺术学院
运动人体科学本科
山东中医药大学国际教育学院
山东中医药大学继续教育学院
现任校长：欧阳兵
