1952年，山东省济宁医士学校创建；
1987年1月，经原国家教委批准，定名为济宁医学院；
1992年6月，经国务院学位委员会批准，济宁医学院获得学士学位授予权；
1997年，以优异成绩顺利通过了教育部本科教学合格评价；
2008年，以“优秀”成绩顺利通过教育部本科教学工作水平评估；
2011年10月，济宁医学院正式获批成为开展培养硕士专业学位研究生试点工作单位。
院系专业
截至2013年6月，学校有临床学院、基础学院、公共卫生学院、精神卫生学院、护理学院、医学信息工程学院、药学院、管理学院、法医学与医学检验学院、口腔医学系、医学影像系、生物科学系、社会科学部、外国语教学部、继续教育学院15个教学院系部，开设临床医学、临床医学（精神病与精神卫生方向）、中西医临床医学、康复治疗学、法医学、预防医学、食品质量与安全、护理学、医学检验、口腔医学、医学影像学、应用心理学、生物技术、生物工程、药学、中药学、药物制剂、计算机科学与技术、信息管理与信息系统、生物医学工程、医学信息工程、软件外包、物联网工程、软件开发（与惠普共建）、软件测试（与惠普共建）、市场营销、公共事业管理、劳动与社会保障、英语等35个本科专业和专业方向
现任校长：白波
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