1931年，诞生于中央苏区——江西瑞金，原为中国工农红军卫生学校调剂班；后随红军长征到达陕北；
1941年，在延安命名为中国医科大学药科； 1942年，独立为延安药科学校；解放战争时期迁校东北（佳木斯市），命名为东北药科学校；
1949年，迁校沈阳，合并了原国立沈阳医学院药学系，定名为东北药学院；
1955年，全国高校院系调整，将浙江医学院药学系、山东医学院药学系、上海制药工业学校（1958年）并入；
1956年沈阳橡胶工业学校（现青岛科技大学）制药专业调整成立化学工业部沈阳制药工业学校，随后并入，同年改称沈阳药学院；
1994年，经国家批准，更名为沈阳药科大学。原属国家医药管理局领导，是全国两所综合性药科大学之一。
2000年2月根据教育部要求，实行“中央与地方共建，以地方管理为主”的管理体制。
学院 专业
药学院 药学、药物制剂、药物分析、国家理科基础药学基地班（八年制本硕博连读）
药学（日语强化班，五年制、药学（英语强化班，五年制）
药学（专升本）
制药工程学院 制药工程、环境科学、应用化学、药物化学
中药学院 中药学、中药资源与开发、药学（食品药学）、中药制药、葡萄与葡萄酒工程
中药学（日语强化班，五年制）
生命科学与生物技术制药学院 生物工程、临床药学（五年制）、生物技术制药
生命科学与技术基地班（六年制本硕连读；前两年半在吉林大学进行基础科目学习，第六学期回该校进行研究生课程学习）
工商管理学院 工商管理、市场营销、国际贸易与经济、药事管理
市场营销（专升本）
医疗器械学院 生物医学工程
现任校长：毕开顺
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