1953年，原东北航海学院、上海航务学院、福建航海专科学校合并而成。东北航海学院，源于1927年东北航警处筹办的东北商船学校；上海航务学院，其前身为上海吴淞商船专科学校；福建航海专科学校，源于陈嘉庚先生于1920年创办的集美学校实业部水产航海科，三校系晚清至新中国建立40余年间中国仅有的三所海运高等院校，时为中国唯一的高等航海学府。
1960年，大连海运学院被确定为全国重点大学。
1963年，周总理亲自批示大连海运学院航海类专业学生实行半军管。
1983年，联合国开发计划署（UNDP）和国际海事组织（IMO）在学校设立了亚太地区国际海事培训中心。
1985年，世界海事大学在学校设立分校。
1994年，经国家教委批准，学校更名为大连海事大学，江泽民同志亲笔为学校题写了校名。
1997年，被国家批准进行“211工程”重点建设。
1998年，学校的质量管理体系通过国家港务监督局和挪威船级社（DNV）的认证，成为该国第一所获得ISO9001质量管理体系认证证书和DNV三个认证规则证书的大学。
2000年12月，交通部所属大连海运学校并入大连海事大学。
2004年，学校顺利通过了教育部专家组对学校本科教学工作水平的评估检查，并获得优秀。
2006年，交通部、教育部、辽宁省、大连市就支持加快大连海事大学的建设和发展，进一步提升学校的综合实力和办学水平，达成了共建协议。通过不断地建设和发展，学校在办学规模、办学层次等方面已居于世界同类院校的前列。
2009年，学校成功举办了“中国高等航海教育暨大连海事大学建校100周年”纪念活动，李长春、张德江、刘延东、陈至立等党和国家领导人向学校致信或题词祝贺，刘延东、陈至立等党和国家领导人分别视察了学校。
截至2014年，大连海事大学有9个二级院系，开设本科专业51个。
大连海事大学院系设置
航海学院 信息科学技术学院
交通运输管理学院 交通运输装备与海洋工程学院
法学院 公共管理与人文学院
马克思主义学院 物理系
体育工作部 继续教育学院
现任校长：王祖温
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