1951年12月，航空工业局决定，将武汉311厂（厂址在武汉市硚口区铜厂乡）改建成航空工业学校，中共中央中南局组织部调李旭负责建校工作 。1952年3月15日，学校启用“汉口航空工业学校”印章；8月，学校启用“汉口航空工业专科学校”印章；10月9日，学校隆重举行首届学生开学典礼。从此10月9日定为学校校庆日。10月，航空工业局指示，学校定名为“汉口航空工业学校”。
1953年1月30日，第二机械工业部第四局通知，决定将学校迁址江西南昌，并指示学校立即筹备，派人前往选址。2月26日，南昌市人民政府建设局批准学校第一期征用土地450亩。8月2日，南昌新校址基建工程破土动工。9月17日，第二机械工业部第四局通知，汉口航空工业学校改名为中南第一工业学校 。1954年8月6日，学校全部教职工和学生都搬迁到了南昌 。
1955年9月10日，根据第二机械工业部办公厅通知，学校校名由“中南第一工业学校”改为“南昌工业学校” 。1956年2月10日，第二机械工业部发出通知南昌航空工业学校实行二部制。3月16日，根据第二机械工业部第四局的指示和命令，学校的名称由“南昌工业学校”改为“南昌航空工业学校”。1957年1月7日，第二机械工业部第四局下发通知，要求南昌航空工业学校取消二部制。7月至11月，上海、昆明航校停办，上海航校学生414人、昆明航校学生202人转入南昌航空工业学校学习 。
1958年3月25日，被第二机械工业部确定为三所航空工业重点学校
一。11月21日，第二机械工业部第四局决定，将学校下放给国营320厂领导 。1960年2月20日，学校改属第一机械工业部第四局领导，并升格为航空工业专科学校，保留中专部。4月5日，被第一机械工业部指定为13所重点学校之一。7月15日，第一机械部第四局决定，学校再次划归国营320厂领导。9月13日，学校决定以中专为主试办专科，并保留专科学校的校名 。
1962年3月12日，第三机械工业部与中共江西省委商定，改变南昌航空工业专科学校由320厂领导的关系，确定行政上由第三机械工业部第四局直接领导，党的关系仍属中共南昌市委领导。8月20日，第三机械工业部下达通知，撤销学校专科建制，学校名称暂不改变，专科班学生毕业后，撤销专科学校名称 。1963年6月27日，学校发布通知，校名定为“南昌航空工业学校”。1964年8月，学校铸造专业调整到株洲航校 。
1968年7月22日，经南昌市革命委员会批准，学校召开南昌航空工业学校革命委员会成立大会。1969年6月10日，第三机械工业部军管会通知，学校改为国营502厂，第二厂名是国营赣江机械厂。1972年4月29日，第三机械工业部下发《关于恢复南昌航空工业学校的通知》，要求在370厂南昌二分厂的基础上恢复南昌航空工业学校。1973年8月20日，江西省国防工业办批复，同意成立南昌航空工业学校、赣江机械厂革命委员会（两块牌子一套班子） 。
1977年9月13日，第三机械工业部在北京召开院校工作会议，会议提出拟将南昌航空工业学校改建为南昌航空工业学院。11月2日，第三机械工业部致函江西省革命委员会，征求“关于拟将南昌航空工业学校改办为南昌航空工业学院”的意见。12月12月，江西省复函同意将南昌航空工业学校改办为南昌航空工业学院。1978年5月29日，第三机械工业部转发教育部《关于同意恢复和增设普通高等学校的通知》。决定以南昌航空工业学校为基础增设南昌航空工业学院 。
1980年12月28日，经第三机械工业部批准，成立“南昌航空工业学院夜大学” 。1982年1月5日，学校成为首批有权授予学士学位的458所高校之一。7月10日，举行首届本科毕业生毕业典礼 。1986年1月23日，学校成立青年业余党校。1990年11月，金属塑性加工和焊接两个专业被国务院学位委员会批准具有硕士学位授予权 。1998年11月24日，学校顺利通过教育部本科教学工作合格评价 。1999年2月10日，学校的隶属关系由航空工业总公司转为中央与江西省共建，以江西省管理为主 。
2000年1月17日，江西省学位委员会批准学校开展同等学历人员申请硕士学位工作。2002年12月26日，新教学区奠基仪式在红谷滩红角洲举行。2003年5月28日，前湖校区一期工程主体封顶 。12月23日，南昌航空工业学院科技学院被确认为独立学院。2004年7月2日，学校开始实行学校学院二级管理体制。
2005年11月，江西省政府办公厅科教处处长严祖逢等一行对学校更名大学条件进行考评。12月7日，江西省人民政府致函教育部：“关于恳请将南昌航空工业学院更名为南昌航空大学的函”。12月23日，中国航空工业第二集团发文支持学校更名为南昌航空大学 。2006年8月10日，学校本部从上海路校区向前湖校区搬迁 。2007年3月16日，教育部正式批准学校更名为南昌航空大学 。9月13日，江西省人民政府与国防科工委正式签署共建南昌航空大学协议书 。2008年，学校接受教育部本科教学工作水平评估，获优秀等级 。
南昌航空大学二级学院与本科专业设置一览（截至2013年）
南昌航空大学经济管理学院 120701 工业工程 工学
120801 电子商务 管理学
120102 信息管理与信息系统 管理学
120201K 工商管理 管理学
120202 市场营销 管理学
120203K 会计学 管理学
020101 经济学 经济学
南昌航空大学文法学院 130309 播音与主持艺术 艺术学
120401 公共事业管理 管理学
030101K 法学 法学
030302 社会工作 法学
050301 新闻学 文学
南昌航空大学信息工程学院 080903 网络工程 工学
080714T 电子信息科学与技术 工学
080801 自动化 工学
080901 计算机科学与技术 工学
080703 通信工程 工学
080601 电气工程及其自动化 工学
080701 电子信息工程 工学
040104 教育技术学 工学
南昌航空大学体育学院 040201 体育教育 教育学
040203 社会体育指导与管理 教育学
南昌航空大学外国语学院 050201 英语 文学
050203 德语 文学
050204 法语 文学
南昌航空大学数学与信息科学学院 070101 数学与应用数学 理学
070102 信息与计算科学 理学
南昌航空大学环境与化学工程学院 080403 材料化学 理学
070302 应用化学 理学
南昌航空大学航空制造工程学院 080411T 焊接技术与工程 工学
080202 机械设计制造及其自动化 工学
080203 材料成型及控制工程 工学
082003 飞行器制造工程 工学
南昌航空大学测试与光电工程学院 082601 生物医学工程 工学
080705 光电信息科学与工程 工学
080702 电子科学与技术 工学
080301 测控技术与仪器 工学
南昌航空大学环境与化学工程学院 082502 环境工程 工学
081003 给排水科学与工程 工学
080403 材料化学 理学
南昌航空大学材料科学与工程学院 080405 金属材料工程 工学
080406 无机非金属材料工程 工学
080407 高分子材料与工程 工学
南昌航空大学软件学院 080902 软件工程 工学
080905 物联网工程 工学
南昌航空大学土木建筑学院 120103 工程管理 管理学
081001 土木工程 工学
081802 交通工程 工学
南昌航空大学飞行器工程学院 081805K 飞行技术 工学
082002 飞行器设计与工程 工学
082004 飞行器动力工程 工学
南昌航空大学音乐学院 130202 音乐学 艺术学
130301 表演 艺术学
南昌航空大学艺术与设计学院 080205 工业设计 工学
130310 动画 艺术学
130502 视觉传达设计 艺术学
130503 环境设计 艺术学
130504 产品设计 艺术学
130505 服装与服饰设计 艺术学[36]
国际教育学院 国际经济与贸易（与澳大利亚北墨尔本高等技术学院合作）
空中乘务专业（与加拿大圣力嘉应用技术学院合作）
国防生教育学院（人武部） ----------------
科技学院（独立学院） ----------------
工程训练中心 ----------------
继续教育学院 ---------
现任校长：余欢
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