1921年，江西公立医学专门学校成立，为南昌大学医学院前身，何焕奎任首任校长。1940年国立中正大学成立，1949年5月南昌解放，国立中正大学改名为国立南昌大学，并入江西工专、农专、水专、体育师范专科，由中南区教育部直接领导，经费也由中南教育部直拨。
1952年，教育部根据以“培养工业建设和师资为重点，发展专门学院，整顿和加强综合性大学”的方针，开始大规模的院系调整。在江西，1952年南昌大学农学院首先分出，独立设置江西农学院，并入南昌农专、江西兽专，院址迁南昌县莲塘。同年，南昌大学工学院采冶工程科、农业工程科、水利工程系科分别并入中南矿冶学院（现中南大学）、华中农学院（现华中农业大学）和武汉水利电力学院（现武汉大学）。
原国立中正大学校门，现校门设计来源于此1952年底，中南教育部在武汉召开全区高等院校院系调整会议，南昌大学由党组书记、秘书长魏东明带队，工学院副院长王修寀、总务长戴鸣钟、副教务长谷霁光以及会计科科长欧阳侃随同前往。这次会议由中南教育部副部长徐懋庸主持，中南局宣传部部长赵毅敏作政治报告，主要讲过渡时期总路线。然后讨论院系调整方案，提出取消湖南、广西、南昌三大学校校名，在湖南、广西、江西三省独立设置师范院校。
这次会议后，南昌大学即进入紧张的院系调整阶段，成立了中南区高等院校院系调整委员会南昌分会，吕良、刘乾才、魏东明等14人为委员。按照调整方案，南昌大学工学院机械工程系科、电机工程系并入新成立的华中工学院（现华中科技大学）；土木工程系科并入新成立的中南土木建筑学院（现湖南大学）；化学工程系科并入华南工学院（现华南理工大学）；理学院物理系、化学系，文法学院文史系、俄文系科并入武汉大学；数学系、生物系并入中山大学；经济系并入新成立的中南财经学院（现中南财经政法大学）；教育系和师范部教育科、生物科并入湖南师范学院（现湖南师范大学）；史地科地理组并入华南师范学院（现华南师范大学）。同时，以体育专修科和师范部体育科为基础成立中南体育学院，院址暂设南昌大学原址。1955年迁武汉。院系调整期间，邵式平省长请示中央同意，一是将原拟成立江西师专改为江西师范学院，二是保留生物科。
1958年，江西工学院和江西大学成立，1962年江西师院生物系并入江西大学，1965年，江西大学和江西工学院均初具规模，江西大学设7个系、12个专业和瑞金分校；江西工学院设4个系、9个专业，1985年江西工学院更名为江西工业大学，江西大学和江西共青垦殖场联合创办了江西大学共青学院。1993年江西大学与江西工业大学合并组建成新的南昌大学，同年成为江西省第一个博士授予单位。1997年，南昌大学正式列入国家“211”工程重点建设大学。2002年12月29日，南昌大学前湖校区奠基。2004年，江西省人民政府、教育部签署协议，南昌大学实行省部共建。2005年，南昌大学与江西医学院正式合并组建新南昌大学，学校步入一个崭新的发展阶段。
2008年5月16日，奥运圣火在南昌大学前湖校区传递，这是全球前几次在大学校园内传递奥运圣火。 10月6日，南昌大学太阳能光伏学院成立，这是中国第一所在大学设立的光伏学院。 2009年9月9日，全运会圣火在南昌大学进行传递，这是在江西境内唯一的传递地点，是继奥运圣火之后又一大盛事。2011年5月4日南昌大学迎来建校90周年庆典，部、省领导和南昌大学知名校友到场庆祝昌大九秩华诞。
特色专业
名称 学院 级别 名称 学院 级别
材料成型及控制工程 机电工程学院 国家级 通信工程 信息工程学院 国家级
医学影像学 医学院 国家级 汉语言文学 人文学院 国家级
生物科学 生命科学与食品工程学院 国家级 计算机科学与技术 信息工程学院 国家级
工商管理 经济与管理学院 国家级 食品科学与工程 生命科学与食品工程学院 国家级
软件工程 软件学院 国家级 ---------------- ---------------- ---------
自动化 信息工程学院 省级 麻醉学 医学院 省级
机械设计制造及自动化 机电工程学院 省级 土木工程 建筑工程学院 省级
材料科学与工程 材料科学与工程学院 省级 化学 理学院 省级
化学工程与工艺 环境与化学工程学院 省级 预防医学 公共卫生学院 省级
新闻学 人文学院 省级 数学与应用数学 理学院 省级
水产养殖学 生命科学与食品工程学院 省级 环境工程 环境与化学工程学院 省级
高分子材料与工程 材料科学与工程学院 省级 口腔医学 医学院 省级
热能与动力工程 机电工程学院 省级 行政管理 公共管理学院 省级[13]
专业
哲学 人文学院 省级 通信工程 信息工程学院 省级
经济学 经济与管理学院 省级 计算机科学与技术 信息工程学院 省级
法学 法学院 省级 建筑学（五年） 建筑工程学院 省级
汉语言文学 人文学院 省级 土木工程 建筑工程学院 省级
英语 外国语学院 省级 食品科学与工程 生命科学与食品工程学院 省级
新闻学 人文学院 省级 环境工程 环境与化学工程学院 省级
广播电视新闻学 人文学院 省级 化学工程与工艺 环境与化学工程学院 省级
历史学 人文学院 省级 临床医学 医学院 省级
数学与应用数学 理学院 省级 预防医学 医学院 省级
应用物理学 理学院 省级 医学影像学 医学院 省级
化学 理学院 省级 口腔医学 医学院 省级
生物科学 生命科学与食品工程学院 省级 护理学 医学院 省级
材料科学与工程 材料科学与工程学院 省级 信息管理与信息系统 信息工程学院 省级
机械设计制造及其自动化 机电工程学院 省级 工商管理 经济与管理学院 省级
材料成型及控制工程 机电工程学院 省级 行政管理 法学院 省级
工业设计 艺术与设计学院 省级 旅游管理 经济与管理学院 省级
热能与动力工程 机电工程学院 省级 自动化 信息工程学院 省级
电气工程及其自动化 信息工程学院 省级 电子信息工程 信息工程学院 省级
现任校长：周创兵
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