1958年，中共吉安地委根据中共中央、国务院和江西省委的指示，在吉安市创办了吉安工学院、吉安农学院、吉安医学院和吉安师范学院四所高等学校。同年12月，地委决定四所学校合并，成立井冈山大学。经江西省人民委员会批准，1959年7月1日正式命名为井冈山大学。1963年7月，由于国家经济困难而停办。
1977年10月，在原井冈山大学的基础上，建立了江西师范学院井冈山分院。1982年4月，经教育部批准设立吉安师范专科学校。2000年3月，经教育部批准，吉安师范专科学校和吉安教育学院合并组建井冈山师范学院。
1978年8月，以原井冈山大学医学院为基础，建立了江西医学院吉安分院。1993年4月，经国家教委批准更名为井冈山医学高等专科学校。
1984年3月，经国家教委批准备案，创办吉安地区工业职工大学，1986年改名为吉安地区职工大学。与此同时，成立吉安地区工交干部学校。2002年4月，成立井冈山职业技术学院。
2003年7月9日，经教育部批准，井冈山师范学院、井冈山医学高等专科学校和井冈山职业技术学院合并，组建井冈山学院，同时筹建井冈山大学。2004年5月18日，中共江西省委宣布了井冈山学院的领导班子。2007年8月和9月，国家教育部、江西省人民政府分别批准井冈山学院更名为井冈山大学。2007年10月28日，举行了隆重的井冈山大学挂牌暨省部共同重点支持建设签约仪式。
01 井冈山大学政法学院 政法系、思想政治理论课教学研究室、社会工作教育中心
02 井冈山大学马克思主义学院
03 井冈山大学人文学院 中文系、历史系、新闻系
04 井冈山大学外国语学院 英语系、亚欧语言系、公共外语教学部
05 井冈山大学商学院 经济学系、工商管理系
06 井冈山大学数理学院 数学系、物理系
07 井冈山大学机电工程学院 电气工程系、机械设计制造与自动化系、生物医学工程系
08 井冈山大学建筑工程学院 建筑学系、土木工程系
09 井冈山大学化学化工学院 化学系、化学工程系
10 井冈山大学生命科学学院 生命科学系
11 井冈山大学电子与信息工程学院 电子工程系、信息工程系、计算机科学系
12 井冈山大学教育学院 教育系
13 井冈山大学医学院 医学系、中医学系、口腔医学系、药学系、基础医学教学部
14 井冈山大学临床医学院 临床医学系、中医学系、口腔医学系
15 井冈山大学护理学院 护理系
16 井冈山大学艺术学院 音乐系、美术系
17 井冈山大学体育学院 体育系、公共体育教学部
18 井冈山大学国防生学院 国防生学院
19 井冈山大学培训学院 培训学院
20 井冈山大学继续教育学院
现任校长：张泰城
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