1964年，园林专业因园林教育革命影响受到批判。1965年，北京林学院园林专业宣布停办，园林系被撤销。
1969年文化大革命期间，林彪发出战备疏散的一号命令，北京林学院开始迁往云南。学院北京原址分别被中国科学院、中国农业科学院、北京大学、清华大学、中国科学技术大学研究生院等单位占用。北京林学院虽名为搬迁，但实为解散，后经中华人民共和国国务院过问免于撤销，全校于1970年集中丽江，更名为丽江林学院，后转迁至下关市，并再次更名为云南林业学院（今西南林业大学）。
1973年，搬迁至昆明市安宁县楸木园，同时，云南农业大学林学系并入云南林业学院（今西南林业大学）。
文化大革命结束后，学院在多方努力后于1979年返京复校，复名北京林学院。并收回部分原有土地，但总面积减少了40.5%，校内科研基地植物园被毁（现为中国科学院半导体研究所）。
1977年，北京林业大学园林系恢复。
改革开放
1979年，改革开放后，学院专业设置和办学规模逐步扩大。
1984年，时任中华人民共和国中央军事委员会主席邓小平为学院题写校名。
1985年，经中华人民共和国林业部批准，北京林学院更名为北京林业大学。
1996年，北京林业大学被列为211工程首批建设的41所高校之一。
2001年，中华人民共和国教育部、中华人民共和国国家林业局协商决定，与北京林业大学实行共建。
2005年，北京林业大学被列为42所具有本科自主选拔录取资格的高校之一。
2009年，进入985工程优势学科创新平台建设行列。
2010年，获中华人民共和国教育部和中华人民共和国国家林业局共建支持。
2011年，与10所行业特色高校参与组建北京高科大学联盟。
2012年，牵头成立中国第一个林业协同创新中心——林木资源高效培育与利用协同创新中心。
2013年，撤销材料科学与工程学院的艺术设计系、工学院的工业设计系和信息学院的动画系，设立北京林业大学艺术设计学院。
一级学科国家重点学科：林学（含7个二级学科：林木遗传育种、森林培育、森林保护学、森林经理学、野生动植物保护与利用、园林植物与观赏园艺、水土保持与荒漠化防治）。
二级学科国家重点学科：植物学、木材科学与技术。
国家重点（培育）学科：林业经济管理。
国家林业局重点学科：植物学、生态学、城市规划与设计（含风景园林规划与设计）、木材科学与技术、林产化学加工工程、土壤学、森林保护学、森林经理学、野生动植物保护与利用、林业经济管理。
北京市重点学科：
一级学科：林业工程（所涵盖二级学科：森林工程、木材科学与技术、林产化学加工工程）。
二级学科：生态学、城市规划与设计（含风景园林规划与设计）、草业科学。
交叉学科：生态环境地理学。
省级重点学科：
林业经济管理、植物学、生态学、城市规划与设计、木材科学与技术、林产化学加工工程、土壤学、森林保护学、森林经理学、野生动植物保护与利用、林业经济管理、林业工程、生态环境地理学、风景园林规划与设计。
现任校长：宋维明
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