1941年3月16日，经江西省政府决议，创立江西省立赣县高级助产职业学校。4月筹办，7月招生，8月1日正式开学。1944年12月，日军占领赣州前夕，学校被迫宁都县云田乡布头村，租用民房办学。1945年抗战胜利后，学校迁回赣州，并保留了宁都分校继续办学。并与当年在上饶建立分校。1946年，因省教育厅政策，宁都、上饶分校开始独立办学。1947年9月，江西省立赣县高级助产职业学校更名为江西省立赣县高级医事职业学校。
1949年学校更名为江西省赣州护士助产学校。1951年赣州市立医院附设护士学校并入学校，同年，江西省第四医士学校和江西省第七医士学校创建。1953年江西省赣州护士助产学校、江西省第四医士学校合并组建江西省赣州卫生学校，吉安第七医士学校撤销，学生并入学校 。
1958年江西省赣州卫生学校升格为赣南医学专科学校。1959年赣南医学专科学校升格为赣南医学院。1962年赣南医学院改建赣南医学专科学校，赣东大学（医科学生）、井冈山大学（医科学生）、景德镇医学专科学校（学生）并入赣南医学专科学校，同年，赣州专署指定赣州专区人民医院、赣州专区妇幼保健院、赣州市里第一医院为学校教学医院。1963年学校成立科委会 。
1968年12月，赣南医学专科学校改建赣州地区六·二六卫生人员学习班。1969年11月，更名为赣州地区六二六卫生学校。1972年1月，赣州地区六二六卫生学校更名为赣南卫生学校，1974年6月，赣南卫生学校恢复大专体制，升格为赣南医学专科学校 。
1982年4月，学校开始准备升格为五年制本科学校。1983年，学校首创“生理卫生师资兼校医”专业，后定名为“学校医学”专业，1985年开办“妇女保健”专业，后更名为“妇幼卫生”专业。1984年4月和6月江西省人民政府办公厅分别发布通知，将赣州市第一医院和赣州专区妇幼保健院分别列为学校的第二、第三附属医院。
1988年4月，赣南医学专科学校升格为赣南医学院，同月，杨成武将军提写校名，9月27日，学校举行赣南医学院成立大会暨开学典礼。1993年6月，学校被列为学士学位授予单位。1997年，国家教委公布学校为本科教学评估合格学校 。2005年赣州铁路医院并入赣南医学院。
所在院系 培养层次 专业名称 授予学位 修业年限
基础医学院 本科 临床医学 医学学士 五年
本科 预防医学 医学学士 五年
本科 法医学 医学学士 五年
本科 生物技术 理学学士 五年
第一临床医学院 本科 临床医学(中西医结合临床方向) 医学学士 五年
本科 临床医学（影像诊断方向） 医学学士 五年
本科 临床医学（医事法学方向） 医学学士 五年
本科 临床医学（医学心理学方向） 医学学士 五年
本科 临床医学（眼耳鼻喉方向） 医学学士 五年
本科 麻醉学 医学学士 五年
专科 临床医学（全科医学方向） - 三年
专科 医学检验技术 医学学士 五年
专科 临床医学 - 三年
人文社会科学学院 本科 公共事业管理
四年
本科 英语 文学学士 四年
本科 法学 法学学士 四年
本科 应用心理学 理学学士 四年
专科 艺术设计
本科 公共卫生管理
四年
康复学院 本科 运动人体科学
四年
本科 康复治疗学
四年
护理学院 本科 护理学 医学学士 四年
专科 护理 - 三年
药学院 本科 药学
本科 制药工程
本科 中药学 理学学士 四年
专科 医药营销
三年
专科 药学
三年
信息工程学院 本科 生物医学工程 工学学士 四年
专科 医疗器械制造与维护
三年
国际教育学院 专科 涉外护理 - 三年
现任校长：韩立民
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