2004年由原南通医学院、南通工学院、南通师范学院三所公办本科院校合并组建而成。
原南通医学院、南通工学院的前身分别是私立南通医学专门学校和南通纺织专门学校，由近代著名实业家、教育家张謇先生于1912年创办。
南通医学院
南通医学院的前身是私立南通医学专门学校，1912年3月由清末状元张謇及其兄张詧创办，是中国最早创办的高等医学院校之一。1927年南通医学专门学校改为私立南通医科大学,1928年南通的农、纺、医三所大学合并为私立南通大学，继而成为南通大学医科。1930年11月私立南通大学改为南通学院。1937年下半年日本帝国主义扩大侵略战争,南通学院被迫停课。1938年8月南通学院迁至上海，农科、纺织科复课，医科与江苏省立医政学院合并建成国立江苏医学院。1946年，南通学院院本部迁返南通，同时恢复医科。1952年全国高等学校院系调整，南通学院医科改建为公立医学院,定名苏北医学院。1956年改名南通医学院，1957年南通医学院迁往苏州,改名苏州医学院，同时，在南通建立苏州医学院南通分部，1958年南通分部又改为南通医学院。1958年，南通医学院归属江苏省管理。1978年9月,隶属关系改由交通部和江苏省双重领导，以交通部领导为主的体制。2000年2月起，南通医学院由隶属交通部划转江苏省人民政府管理,实行中央与地方共建，以地方为主的管理体制。
南通工学院
南通工学院的前身是南通纺织染传习所，创建于1912年4月。1913年9月更名为南通私立纺织专门学校，是中国第一所纺织高等院校。1927年改为南通纺织大学,1928年与医科、农科合并为私立南通大学，1930年为南通学院纺织科,1952年全国高等院校院系调整时，南通学院纺织科迁至上海并入华东纺织工学院。1977年12月经省人民政府同意复建，成立南京工学院南通分院，1979年1月经国务院批准改称南通工业专科学校，1980年7月省政府报经教育部批准，改名为南通纺织专科学校,1985年1月省人民政府报经国务院批准升格为南通纺织工学院，1995年9月经国家教委批准，更名为南通工学院。
南通师范学院
南通师范学院是由原南通师范专科学校和南通教育学院于1999年3月
经国家教育部批准合并组建的本科高等院校。南通师范专科学校创建于1958年,1962年停办。1976年12月经省政府批准以“扬州师范学院南通分院”名称恢复办学，1979年2月经国务院批准,恢复“南通师专科学校”校名。南通教育学院前身是南通地区教师进修学院和南通市教师进修学院。南通地区教师进修学院于1959年经省教育厅批准成立，1963年停办。1982年3月经省政府同意，建立南通地区教师进修学院和南通市教师进修学院,1983年3月南通市委决定两院合并，建立新的南通市教师进修学院。同年7月，经省政府批准南通市教师进修学院定名为南通教育学院。
2004年5月18日，经教育部批准，南通医学院、南通工学院、南通师范学院三所公办本科院校合并组建南通大学。2009年被批准为博士学位授予立项建设单位。
根据2014年6月学校官网显示，南通大学设有94个本科专业，25个学院、1个独立学院、1个国际教育学院和1个继续教育学院，拥有1所近百年历史的大型综合三级甲等附属医院。
南通大学文学院 南通大学理学院 南通大学法政学院 南通大学商学院
南通大学公共管理学院 南通大学外国语学院 南通大学外国语学院 南通大学教育科学学院
南通大学化学化工学院 南通大学生命科学学院（海洋学院挂靠） 南通大学机械工程学院（船舶学院挂靠） 南通大学电子信息学院
南通大学电气工程学院 南通大学计算机科学与技术学院 南通大学建筑工程学院 南通大学纺织服装学院
南通大学公共卫生学院 南通大学护理学院 南通大学体育科学学院 南通大学艺术学院
南通大学地理科学学院 神经再生重点研究室（神经科学系） 南通大学医学院（药学院挂靠） 南通大学交通学院（与交通运输工程研究院合署）
南通大学杏林学院
现任校长：程纯
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