学校前身为始建于1983年的南京财贸学院，1987年更为现名；1991年由审计署直属；1993年升格为本科院校。2000年，调整为江苏省与审计署合作共建、以江苏省管理为主；2002年，原南京金融高等专科学校并入南审，组建新的南京审计学院；2011年变更为国家审计署、财政部、教育部、江苏省政府三部一省共建高校。
截至2014年1月，学校设有28个本科专业，12个二级学院、3个教学部，1个继续教育学院和独立学院金审学院。
南京审计学院审计与会计学院 南京审计学院金融学院
南京审计学院经济与贸易学院 南京审计学院工商管理学院
南京审计学院公共经济学院 南京审计学院管理科学与工程学院
南京审计学院法学院 南京审计学院文学院
南京审计学院理学院 南京审计学院工学院
南京审计学院国际商学院 南京审计学院马克思主义学院
南京审计学院国际文化交流学院 南京审计学院大学外语教学部
南京审计学院体育教学部 南京审计学院艺术教育部
南京审计学院继续教育学院（管理干部学院） 南京审计学院金审学院
现任校长：晏维龙
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