1914年，私立金陵大学首设4年制农科，开中国四年制大学高等农业教育之先河，1930年，农科扩展成为金陵大学农学院。新中国成立以后，私立金陵大学农学院改名为公立金陵大学农学院。
1917年，南京高等师范学校首设农科，1928年称中央大学农学院，1949年称南京大学农学院。
1952年，南京大学农学院与金陵大学农学院及浙江大学农学院部分系科合并，成立南京农学院，首任院长为著名小麦遗传育种专家金善宝院士。
原南京大学（中央大学）分出的南京农业大学1963年，被国务院确定为全国两所重点农业高校之一。
1972年1月，搬迁至扬州，与当时的苏北农学院合并成立江苏农学院。
1979年2月，经国务院批准，南京农学院在原址南京卫岗办学，恢复为南京农学院，并列入农业部所属全国重点大学。
1984年7月，经教育部批准，南京农学院改名为南京农业大学。
1998年12月，南京农业大学正式进入全国“211工程”重点建设的大学行列。
1999年4月，首批通过全国高校本科教学工作优秀评价。
2000年2月，由农业部划转教育部直接管理。
2000年6月，建立研究生院，是全国56所具有研究生院的高校之一。
2007年4月，再次以优秀成绩通过教育部本科教学工作水平评估。
南京农业大学农学院 农学、种子科学与工程、金善宝实验班（植物生产方向）
南京农业大学植物保护学院 植物保护
南京农业大学资源与环境科学学院 农业资源与环境、环境科学、生态学、环境工程
南京农业大学园艺学院 园艺、园林、风景园林、中药学、设施农业科学与工程
南京农业大学动物科技学院 动物科学
南京农业大学渔业学院
水产养殖学
南京农业大学动物医学院 动物医学、动物药学
南京农业大学经济管理学院 农林经济管理、国际经济与贸易、市场营销、电子商务、
南京农业大学食品科技学院 食品科学与工程、生物工程、食品质量与安全
南京农业大学信息科学技术学院 信息管理与信息系统、计算机科学与技术、网络工程
南京农业大学公共管理学院 土地资源管理、行政管理、人文地理与城乡规划、人力资源管理、劳动与社会保障
南京农业大学外国语学院 英语语言文学、日语语言文学
南京农业大学人文社会科学学院 旅游管理、公共事业管理、法学、表演
南京农业大学理学院 信息与计算科学、应用化学
南京农业大学生命科学学院 生物科学、生物技术
南京农业大学农村发展学院 社会学、农村区域发展
南京农业大学草业学院
草业科学
南京农业大学金融学院 金融学、会计学、投资学
南京农业大学工学院 农业机械化及其自动化、交通运输、车辆工程、机械设计制造及其自动化、工业设计、材料成型及控制工程、农业电气化、自动化、电子信息科学与技术、工业工程、工程管理、物流管理
现任校长：周光宏
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