南京政治学院前身为中国人民解放军南京政治学校，1977年12月，在江苏省南京市成立。
1986年6月，改称南京政治学院。
1992年8月，长沙政治军官进修学院转隶并入南京政治学院，改称南京政治学院分院。
1993年6月，南京政治学院分院分离出南京政治学院，改称长沙政治学院。
1999年4月，长沙政治学院转隶并入国防科学技术大学。
1999年5月，空军政治学院转隶并入南京政治学院。
南京政治学院上海分院前身为中国人民解放军空军军政干部学校，1951年1月，在河南省洛阳市成立。
1952年7月，改称空军干部学校。
1952年9月，改称空军政治干部学校。
1954年9月，学校迁址南京市中和桥，改称空军政治学校。
1962年7月，学校迁址上海市五角场。
1974年12月撤销，1978年3月重建。
1986年6月，改称空军政治学院。
1992年9月，整编为空军指挥学院分院。
1993年6月，恢复为空军政治学院。
1999年5月，转隶并入南京政治学院，改称南京政治学院上海分院。
学院现设院本部、上海分院和12个教学管理单位，开设哲学、中国社会主义建设、世界政治经济与国际关系、中国革命史、军事思想与军事史、军队政治工作、军队宣传工作、军事新闻、广播电视新闻、经济、外贸英语、政治、图书情报学、档案学等20多个专业。
现任校长：蒋乾麟
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