1958年，南京市农业专科学校成立，“文革”期间停止办学，于1984年复建。
1980年，新中国第一所职业大学——金陵职业大学成立。学校学历层次覆盖本科、专科和中专。
2002年6月，经教育部和省市政府批准，两校合并筹建金陵科技学院。
2005年3月，金陵科技学院正式成立。

截至2014年6月，学校的会计学专业为国家级特色专业建
金陵科技学院设点，会计学、服装设计与工程、动画、机械设计制造及其自动化专业为省级特色专业，机械类、土木类、工商管理类、设计学类等4个专业类为省级重点专业类，材料科学与工程专业为教育部卓越工程师教育培训计划试点专业，通信工程、软件工程为省级卓越工程师（软件类）教育培养计划试点专业。

现任校长：聂影

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