1915年，时任农商总长兼全国水利局总裁的张謇主持创立河海工程专门学校，由黄炎培任学校筹备主任，3月15日正式开学，由许肇南任第一任校长，被中国水利界公认是理论和实践上贡献最大的近代水利专家李仪祉任学校教务主任。这是中国第一所专门培养水利技术人才的高等学校，隶属于全国水利局并报教育部备案。1924年，河海工程专门学校与并入的国立东南大学工科成立河海工科大学，仍隶属于全国水利局，茅以升任首届校长。
河海大学历史沿革图1927年6月，河海工科大学与国立东南大学等校合组为国立第四中山大学（1928年改称国立江苏大学、江苏大学、国立中央大学），河海工科大学全部学生以及图书器材并入工学院土木科（1928年改为土木系），部分教师继续应聘任教，其中卢恩绪为工学院院长，张谟实为土木系主任。中央大学工学院土木系下设水利组，1937年6月成立水利系，但此后土木系水利组仍继续存在。1939年中央大学成立工学研究所，其中土木工程部下设水利工程组。1941年水利组划归水利系。1949年5月成为南京大学工学院水利系。
1952年全国院系调整，南京大学工学院水利系、交通大学水利系、同济大学土木系水利组、浙江大学土木系水利组以及华东水利专科学校水利工程专修科合并成立华东水利学院。建院初设水文、水利土壤改良、水利发电和水工结构等系。1953年，厦门大学土木系水利技术建筑专业、山东农学院农田水利系、淮河水利学校水利工程专修科并入。1955年，华东水利学院的水利土壤改良专业与武汉水利学院的水道及港口水工专业对调。1960年被中共中央确定为全国重点高校。
河海大学江宁校区 图书馆 小浪底音乐台1985年，即河海学校建校70周年时，华东水利学院更名为河海大学，恢复了“河海”传统校名，邓小平亲笔题写校名。
1995年，河海大学80周年校庆时，江泽民为学校题词：“面向未来，开拓进取，进一步发展水利教育事业”，李鹏、李岚清、钱正英等党和国家领导人也为学校题词，对学校的事业发展予以肯定、寄予厚望。
2005年10月23日，学校90周年大庆，温家宝总理视察河海大学发表重要讲话并提出“献身，求实，负责”六字要求，对学校寄予了殷切期望。
2009年11月24日，教育部、江苏省人民政府共建河海大学协议签字仪式在河海大学隆重举行，河海大学成为江苏省第四所教育部、江苏省共建高校。
2014年5月22日，河海大学和北京大学、清华大学、中国人事科学院、中国社科院等13家单位获得“人才理论研究基地”称号。
河海大学曾长期是水利部所属高校，2000年划归教育部管理，2001年、2005年、2011年，教育部与水利部三次签订共建河海大学协议。
主要院系水文院、水电院、港航院、土木院、环境院等
现任校长：徐辉
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