1950年，长春市中医进修学校成立。
1962年，吉林省卫生干部学校并入学校。
1970年，学校并入吉林医科大学。
1978年，恢复了长春中医学院建制，原全国人大副委员长、中国科学院院长郭沫若为学校题写了校名。
2000年，吉林省职工医科大学和长春中医学院附属卫生学校并入学校。
2002年，长春中医药大学净月校区一期工程胜利竣工，学校主体迁入净月校区。
2003年，学校获得博士学位授予权，是“十一五”期间，吉林省唯一一所获得博士授予权的学校，同时也是全国
恢复长春中医学院建制行业唯一一所获得博士授权的学校。
2004年，学校成为省属重点高校。
2007年，学校顺利通过教育部本科教学工作水平评估，获得优秀成绩。
2006年，获教育部批准，长春中医学院更名为长春中医药大学。
2008年，学校与省政府共建吉林省人参科学研究院，人参研究水平处于国际领先水平，为打造吉林省千亿元人参产值，推动健康产业发展做出重要贡献。
2009年，中医学、中药学两个一级学科在全国具有博士学位授权一级学科整体水平评估中位居第7名、第9名；中医学、中药学成为博士后流动站，是2009年全国中医药院校中唯一一所获批建设单位。
2012年，学校获得了“国家中西部高校基础能力建设工程”项目，标志着学校跻身于国家中西部高校百强行列。
院系专业
截至2014年7月，学校设有临床医学院、药学院、护理学院、针灸推拿学院、人文管理学院、基础医学院6个学院。18个本科专业。
本科专业
临床医学院：中医学、中西医临床医学、临床医学
药学院：中药学、中药制药、药学、药学（临床药学）、制药工程、药物制剂、生物制药、中药学（学制4年）
针灸推拿学院：针灸推拿学、康复治疗学、针灸推拿学（学制5年）
护理学院：护理学、护理学（英语）
人文管理学院：公共事业管理（卫生事业管理）、公共事业管理（卫生监督）
基础医学院：生物科学
现任校长：宋柏林
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