吉林医药学院前身是1952年在辽宁鞍山创办的鞍山军医中学；1961年1月改编为空军卫生学校，迁址吉林省长春市；1975年5月组建为空军军医学校，迁址吉林省吉林市。
1986年10月更名为空军医学专科学校；1993年6月更名为空军医学高等专科学校；1996年起，学校与白求恩医科大学联合培养硕士研究生，1999年作为第四军医大学的分院独立开展研究生教育。1999年5月更名为中国人民解放军第四军医大学吉林军医学院；2004年8月学校整体移交吉林省，更名为吉林医药学院。
截至2013年5月，学校有省“十二五”优势特色重点学科2个（外科学、药剂学），省卫生厅重点专科2个。
开设预防医学、临床医学、医学影像学、医学检验、医学检验（临床输血）、药学、药学（临床药学）、药物制剂、护理学（英语护理）、护理学、应用心理学（医学心理学）、生物技术、生物医学工程、食品质量与安全、公共事业管理（卫生事业管理）、市场营销（医药营销）、信息管理与信息系统17个本科专业及专业方向，临床医学、口腔医学、医学检验技术、医学影像技术、药学、护理学6个专科专业，涵盖医、理、工、管4个学科门类。
现任校长：隋万林
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