学校始建于1954年，初名黑龙江省中医进修学校，后几易其名。
1959年定名为黑龙江中医学院。
1996年经国家教育部批准更名为黑龙江中医药大学。
2004年全国首批获得教育部本科教学工作水平评估优秀结论。
2007年全国首家通过教育部本科中医学专业认证单位。
2007年黑龙江中医药大学与英国伦敦南岸大学、哈尔滨师范大学联合在英国伦敦创办的世界首家中医孔子学院。
2008年被确定为国家中医临床研究基地建设单位。
2009年晋升全国精神文明建设工作先进单位。
2014年3月，美国中药联商会合作创办的黑龙江中医药大学美国分校正式成立，成为全球首个在海外开设中药学学士学位课程的机构。
截至2014年6月，黑龙江中医药大学下设11个学院、11个附属医院（9个非直属）、1个研究院、24个教学医院和62个实习基地。设有中医学、中西医临床医学、针灸推拿学、中药学、药物制剂、制药工程、中药资源与开发、生物技术、护理学、公共事业管理、药学、食品科学与工程、应用心理学13个本科专业及8个专业方向招生。
学院如下：
基础医学院 药学院
临床医学院（附属第一医院） 针灸推拿学院（附属第二医院）
成人教育学院 国际教育学院
人文与管理学院 马克思主义学院
佳木斯学院 中医药研究院
研究生院
现任校长：匡海学
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