1958年4月，周恩来总理亲自批复成立湖南省属综合性大学——吉首大学。
1960年，湖南省内高校进行调整，吉首大学保留校名，建立师专。
1978年8月，学校复升为省属综合性大学，同时将湖南医科大学（现中南大学湘雅医学院）湘西分院和湘潭大学湘西分校并入该校。
1979年，学校开始招收本科学生。
2000年8月，吉首卫生学校并入吉大。
2002年10月，武陵高等专科学校并入吉首大学。
2003年，学校获得硕士学位授予权。
2004年，国家教育部指定中山大学对口支援吉首大学。吉首大学开始加速发展。
2006年6月，湘西自治州人民医院成为吉首大学第一附属医院。
2006年，在教育部本科教学工作水平评估中获得优秀。
2008年，国家教育部指定中南大学、中山大学对口支援吉首大学。
2010年，在湖南省研究生培养过程质量评估中获得优秀。
2011年，吉首大学成为国家武陵山片区区域发展与扶贫攻坚战略重点支持大学。
2012年，吉首大学成为国家中西部高校基础能力建设工程（小211工程）重点建设大学。同年，成为教育部第一批“卓越医生教育培养计划”试点大学，承担国家首批“服务国家特殊需求博士人才培养项目”。
2013年，吉首大学开始招收博士研究生。
2013年6月，湘西州民族中医院成为吉首大学附属中医院。
院系设置
吉首大学文学与新闻传播学院 吉首大学信息科学与工程学院 吉首大学软件服务外包学院
吉首大学化学化工学院 吉首大学旅游与管理工程学院 吉首大学生物资源与环境科学学院
吉首大学商学院 吉首大学数学与统计学院 吉首大学体育科学学院
吉首大学外国语学院 吉首大学物理与机电工程学院 吉首大学医学院
吉首大学音乐舞蹈学院 吉首大学法学与公共管理学院 吉首大学历史与文化学院
吉首大学美术学院 吉首大学城乡资源与规划学院 吉首大学国际交流与公共外语教育学院
吉首大学马克思主义学院 吉首大学民族教育预科学院 吉首大学继续教育学院
吉首大学师范学院 吉首大学张家界学院
