80年代末，科大制定大学生科研计划，设立专项科研经费，开放部分实验室供学生使用；大力发展新型工程技术学科。
1983年12月，邓小平在一份关于中国科大的报告上批示：“据我了解，科技大学办得较好，年轻人才较多，应予扶持。”
1984年，学校被国务院批准为“七五”期间国家重点建设的高校之一。
1992年，科大入选“211”工程。
1998年5月，科大入选“985”工程。
1999年12月，合肥经济技术学院并入中国科学技术大学。
自2000年至2012年，该校共有21项成果28次入选中国十大科技进展新闻、中国基础科学研究十大新闻和中国高等学校十大科技进展。
2007年国家第三批重点学科评选中，入选8个一级学科国家重点学科，其中理学6个。
2008年，理学博士点国家重点学科覆盖率达到100%，工学博士点国家重点学科覆盖率达到40%。
2012年、2013年，自然出版集团（NPG）发布《自然出版指数中国》报告，中国科大获选为中国大陆高校第一名.

截止2013年，学校有15个学院、30个系，设有研究生院，以及苏州研究院、上海研究院、中国科大先进技术研究院，在37个本科专业招生

现任校长：侯建国
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