1950年秋，皖南人民行政公署在芜湖市儒林街打铜巷建立皖南医事学校；
1951年，改名皖南卫生技术学校；
1952年，改为安徽省芜湖卫生学校，校址迁至渡春路；
1958年10月，又迁铁山，改名为芜湖医学专科学校（简称芜湖医专），设医疗专业一科；
1963年，安庆医专、淮南医专先后并入芜湖医专。同年，国务院将芜湖医专列为全国16所医专之一；
1970年，安徽省4所医学院校合并时，芜湖医专并入安徽医学院；
1971年，安徽医学院皖南分院；
1974年，国务院批准独立建校，成立皖南医学院。

根据2014年8月学校官网显示，该校设有16个教学单位，开办19个本科专业和2个专科专业。

现任校长：章尧
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