学校前身是东北农学院嫩江分院，创建于1958年9月，1964年停办。在停办的嫩江分院的基础上成立了北安师范专科学校，1965年1月国务院下文批准。
1964年北安师范专科学校迁至原宁安县良种繁育场，更名为黑龙江省宁安师范专科学校，1970年12月经黑龙江省革命委员会批准，扩建为牡丹江师范学院，当时只有农教、数学和中文3个专业。
牡丹江师范学院经历了30年的农村办学，于1995年7月迁入牡丹江市。2001年10月，学校顺利通过教育部本科教学工作合格评估。2006年1月，获得硕士学位授予权。2009年1月，学校被教育部评为“高等学校本科教学工作水平评估优秀单位”。

院系设置
截至2014年6月，该校设有文学院、马克思主义学院、理学院、工学院、教师教育学院、历史与文化学院、经济与管理学院、生命科学与技术学院、化学化工学院、西方语言学院、东方语言学院、应用英语学院、体育科学学院、美术与设计学院、音乐与舞蹈学院、对外商贸学院等16个二级学院，以及国际教育学院、研究生学院、继续教育学院 。

现任校长：张金学

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