1941年3月，中国抗日军政大学第三分校俄文大队在延安成立。
1941年11月，中共中央决定将抗大三分校改为军事学院，原俄文队改为俄文科。
1942年1月，军事学院俄文科划归中央军委第四局领导，5月成立中央军委俄文学校。
1944年，中共中央决定将中央军委俄文学校扩建为包括俄文系和英文系的延安外国语学校。
1946年初，中共中央决定把原延安外国语学校迁至哈尔滨。
1946年11月7日，东北民主联军总司令部附设外国语学校正式成立，专门培养军政翻译。
1948年底，东北全境解放，东北民主联军总司令部附设外国语学校改归东北局和东北人民政府领导，改名为哈尔滨外国语专门学校，成为当时培养俄文干部的主要阵地。
1953年，全国院校调整，哈尔滨外国语专门学校改名为哈尔滨外国语专科学校，归属中华人民共和国高等教育部管理。
1956年6月，经国务院批准，又更名为哈尔滨外国语学院。
1958年4月，高等教育部决定将哈尔滨外国语学院划归黑龙江省管理。同年8月，中共黑龙江省委决定以哈尔滨外国语学院为基础成立黑龙江省历史上第一所综合性大学——黑龙江大学。
文革初期，正在建设中的黑龙江大学受到了冲击，学校发展陷于停滞。
1970年4月，黑龙江大学恢复招生试点，以大文科、大理科的名义招收试点班学员。
1972年4月，黑龙江大学招收了第一批工农兵学员；同年，哈尔滨外国语专科学校并入黑龙江大学。
1977年，黑龙江大学迎来了恢复高考后的第一批大学生。
1999年，黑龙江省满语研究所并入黑龙江大学。
2000年1月，由电子信息科学系和自动化系合并而成的黑龙江大学电子工程学院正式成立，该院具有博士、硕士、学士三级学位授予权和工程硕士授予权，是学校理工科规模最大的学院。
2001年9月，黑龙江大学迎来60周年华诞。中共中央政治局常委、十届全国人大常委会委员长李鹏致信祝贺，诺贝尔物理学奖得主杨振宁院士为校庆题词，十届全国人大常委会副委员长许嘉璐出席庆祝大会。
2003年，中国农业科学院甜菜研究所并入黑龙江大学，并实现中国农业科学院与黑龙江省人民政府共建。
2004年，黑龙江水利专科学校并入黑龙江大学并成立黑龙江大学水利电力学院。
2005年，黑龙江教育杂志社并入黑龙江大学。
2008年，黑龙江省人民政府参照国家211工程建设，黑龙江大学被纳入“省建211工程”重点建设高校行列。
2011年5月3日，按照中俄两国元首达成的共识，教育部要求：黑龙江大学与在俄罗斯全国大学排名第四的新西伯利亚国立大学携手，在本科层次开设多个专业进行联合教学成立——黑龙江大学中俄学院。该学院的建立是国务院总理温家宝与俄罗斯总理普京的会谈纪要中提到的工作。
2011年6月5日，黑龙江大学中俄学院正式成立。
2011年9月，黑龙江大学迎来70周年华诞。原国务院总理、十届全国人大常委会委员长李鹏、中共中央政治局委员、国务院副总理刘延东致信祝贺，十一届全国人大常委会副委员长周铁农出席庆祝大会。
2012年4月，中华人民共和国教育部与黑龙江省人民政府决定重点共建黑龙江大学。
2012年11月，教育部部长袁贵仁与黑龙江省人民政府省长王宪魁在哈尔滨签署共建黑龙江大学协议。
院系专业
截至2013年末，学校设有文学院、新闻传播学院、历史文化旅游学院、哲学学院、政府管理学院、马克思主义学院、经济与工商管理学院、法学院、艺术学院、教育科学研究院等文科学院。
数学科学学院、物理科学与技术学院、电子工程学院、化学化工与材料学院、计算机科学技术学院、生命科学学院、软件学院、信息管理学院、农业资源与环境学院、建筑工程学院、信息科学与技术学院、机电工程学院、水利电力学院等理工科学院。
鉴于该校的语言学科优势，该校还专门设立了俄语学院、西语学院、东语学院、应用外语学院等外语学院。
现任校长：何颖
