河南中医学院的前身是创建于1953年的河南中医进修学校。
1958年，河南省计划新建高等学校61所，其中，包括在原河南省中医进修学校的基础上创建河南中医学院。
1958年9月4日，河南中医学院成立。同年，录取了第一期学生94人。
1979年，学校被国务院学位委员会批准面向全国招收和培养硕士学位研究生；1981年，被批准为首批硕士学位授予单位。
1997年起相继与北京中医药大学、上海中医药大学、中国中医科学院等联合培养博士研究生，2003年被教育部正式批准为联合培养博士研究生工作单位。
2006年被人事部批准为博士后科研工作站，2009年1月被确定为博士学位授权建设单位。
2011年11月，河南省人民政府与国家中医药管理局签订共建河南中医学院协议，成为河南省第八所省部共建院校。
2012年，学校被列入国家中西部高校基础能力建设工程建设规划学校，并成为“国家中西部高等教育振兴计划”高校。
2013年，学校成为教育部中国政府奖学金生培养高校；同年，学校中医学、中药学2个一级博士授权学科获得河南省和国务院学位办正式批准，2014年开始招收博士研究生。
截止2014年6月，学校共设有：河南中医学院基础医学院、河南中医学院第一临床医学院、河南中医学院护理学院、河南中医学院第二临床医学院、河南中医学院骨伤学院、河南中医学院针灸推拿学院、河南中医学院药学院、河南中医学院人文学院、河南中医学院外语学院、河南中医学院信息技术学院、河南中医学院软件职业技术学院、河南中医学院海外教育学院、河南中医学院继续教育学院， 以及思想政治理论教研部、体育教研部、职业技能培训鉴定中心等16个院（部、中心）。
学校设有中医学、针灸推拿学、中西医临床医学、预防医学、护理学、康复治疗学、医学检验技术、医学影像技术、应用心理学、中药学、药学、中药资源与开发、药物制剂、中药制药、制药工程、生物工程、计算机科学与技术、市场营销、公共事业管理、信息管理与信息系统、文化产业管理、英语、汉语国际教育等23个本科专业和1个应用心理学第二学位专业。
现任校长：郑玉玲
