2002年3月14日，经中华人民共和国教育部批准，原合肥联合大学、合肥教育学院和合肥师范学校三校进行合并，成立合肥学院。2009年，该校被安徽省批准为硕士点建设单位。
2009年底，中国教育部主持的新一轮本科教学工作水平评估正式启动，选择在该校进行试评估。2010年4月，合肥学院与中国科学技术大学签订“中国科学技术大学——合肥学院校际战略合作框架协议” 及“中国科学技术大学——合肥学院联合培养专业学位研究生协议”。
2010年6月23日，学院入选《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010-2020年）》提出的高等教育重大改革计划项目，成为国家首批承担“卓越工程师教育培养计划”的61所试点高校之一。2011年，该校获批为“服务国家特殊需求人才培养项目”培养硕士专业学位研究生试点工作单位。
2013年4月，合肥学院与中国科学院过程工程研究所签订全面合作协议。6月，合肥学院水环境治理及污染控制院士专家工作站建立

截至2014年5月，该校共设有合肥学院电子信息与电气工程系、合肥学院管理系、合肥学院化学与材料工程系、合肥学院机械工程系、合肥学院计算机科学与技术系、合肥学院建筑工程系、合肥学院教育系、合肥学院经济系、合肥学院旅游系、合肥学院生物与环境工程系、合肥学院数学与物理系、合肥学院外国语言系、合肥学院艺术设计系、合肥学院中国语言文学系、思想政治理论课教学部、公共体育教学部、基础教学与实验中心等17个教学系部以及国际教育学院、继续教育学院

现任校长：张文兵
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