蚌埠医学院创建于1958年7月，由上海第二医学院和安徽医学院援建而成。
1968年8月，经安徽省革委会批准改称蚌埠反修医学院。
1970年11月，安徽省革委会决定将安徽四所高等医学院校合并为安徽医学院，蚌埠反修医学院更名为安徽医学院蚌埠分院。
1974年6月，国务院科教组发文通知恢复蚌埠医学院 。
1979年开始招收硕士研究生，为首批硕士学位授予单位。2003年，获得临床医学硕士专业学位授予权，2004年开始培养临床医学专业硕士学位研究生

截至2013年7月，该校拥有2个国家级临床重点专科、扶持专科，9个省级重点学科、特色专科。有基础医学、临床医学和护理学3个一级学科硕士学位授权点，29个二级学科授权点。
国家级临床重点专科：呼吸与危重症医学科、普外科
省级重点学科：病原生物学、外科学（骨外）、骨科、血管外科、整形外科、肺科
省级特色专科：风湿性免疫疾病科等
校级重点学科：微生物学、病理学、药理学、外科学（骨外）、内科学（呼吸）、生理学、医学寄生虫学、人体解剖学、免疫学、生物化学与分子生物学、药剂学、基础护理学、营养与食品卫生学、放射诊断学、医学伦理学、肝胆外科学、胸心外科学、胃肠外科学、心血管病学、内分泌学、康复医学、整形外科学、外科学（泌尿外科）
校级重点扶持学科：血液内科学、肾内科学、传染病学、普通外科学、外科学（骨外）、康复医学

现任校长：祝延
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