2002年4月，省教育厅、蚌埠市委、市政府经过研究，决定将蚌埠高等专科学校、蚌埠教育学院、蚌埠职工大学三校合并。
2004年5月18日，教育部正式批准同意在蚌埠高等专科学校、蚌埠教育学院、蚌埠职工大学的基础上筹建蚌埠学院，筹建期为两年 。
2007年3月19日，教育部正式发文同意在蚌埠高等专科学校、蚌埠教育学院、蚌埠职工大学合并基础上正式设立蚌埠学院，同时撤销蚌埠高等专科学校、蚌埠教育学院、蚌埠职工大学的建制

截至2014年4月，该校设有机械与电子工程系、食品与生物工程系、计算机科学与技术系、应用化学与环境工程系、数学与物理系、经济与管理系、艺术设计系、外语系、文学与教育系、音乐与舞蹈系、基础部（含人文社科部、体育部、现代艺术中心）等11个教学单位。
开设有机械设计制造及其自动化、计算机科学与技术、食品科学与工程、生物工程、电子信息工程、数学与应用数学、应用化学、食品质量与安全、化学工程与工艺、交通运输、电子信息科学与技术、无机非金属材料工程、电气工程及其自动化、汉语言文学、广告学、广播电视编导、英语、市场营销、艺术设计、工业设计、音乐学、工程管理、学前教育、光信息科学与技术、土木工程、制药工程、材料成型及控制工程、材料科学与工程、材料物理和艺术与科技等39个本科专业。
同时开设模具设计与制造、食品营养与检测、环境监测与治理技术、建筑工程技术、应用化工技术、应用英语、电子商务、初等教育等22个专科专业

现任校长：周之虎
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