安徽中医药大学创建于1959年，其前身为1952年创立的安徽省中医进修班（学校）。
1959年，安徽省政府正式批准成立安徽中医学院，郭沫若先生题写校名。
1970年，安徽中医学院并入安徽医学院。
1975年，国家教育部批准恢复安徽中医学院
2000年，安徽省医药学校并入安徽中医学院。
2005年以良好成绩顺利通过国家教育部本科教学工作水平评估。
2009年学校以优异成绩全国第三家通过国家教育部中医学专业试点认证。
2011年，安徽省政府批准在安徽中医学院的基础上组建成立安徽省中医药科学院。
2013年，经中国教育部批准，安徽中医学院升格更名为安徽中医药大学

至2013年，安徽中医药大学有全日制在校生11043人（其中硕士生820人），有13个二级学院（部）、2所直属附属医院、4所非直属附属医院。

现任校长：王键
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