1973年,省委、省革命委员会决定取消“安徽医学院总校”建制,恢复蚌埠医学院,筹建皖南医学院。1975年,学校新建卫生系,设卫生专业,同年,部队归还第二附院。1976年,省委、省革命委员会决定恢复安徽中医学院,中医、药学两个系连同第二附院划给中医学院,安医只保留医疗、卫生两个系,1所附院。1978年,安徽医学院定为省属重点大学。1985年12月,根据安徽省医学教育事业的布局,安徽医学院改名为安徽医科大学。1996年6月经国家教委批准,更名为安徽医科大学
截至2014年4月,该校设有基础医学院、公共卫生学院、口腔医学院(安徽省口腔医院)、卫生管理学院、生命科学院学院、护理学院、药学院、人文社会科学学院、国际教育学院、公共基础学院、研究生学院、成人教育学院(继续教育学院)、临床医学院、第一临床学院(第一附属医院)、第二临床学院(第二附属医院)、巢湖临床学院(附属巢湖医院)、第四临床学院(第四附属医院)、医学检验系、医学影像系、麻醉学系、医学心理学系、医学美容系等直属教学机构。
该校拥有5所直属附属医院(第一附属医院、第二附属医院、第四附属医院、附属巢湖医院、附属口腔医院——安徽省口腔医院),6所非直属附属医院(附属省立医院、第三附属医院——合肥市第一人民医院、附属合肥医院——合肥市第二人民医院、附属安庆医院——安庆市立医院、附属六安医院——六安市人民医院、附属宿州医院——宿州市立医院),与合肥市共建附属阜阳医院
现任校长:曹云霞
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