1956年，广州中医药大学原成立，是中国最早的4所中医院校之一，它的建校基础是成立于1924年的广东中医药专门学校。
1924年9月15日，广东中医药专门学校建成举行开学典礼。
1933年，在学校对面建了附属广东中医院，供教师临床及学生实习之用。
1940年更名为广东中医药专科学校。
1952年，广东省中医进修学校成立，依托广东中医药专科学校办学。
1953年，停止招生。
1956年，广州中医学院在广州成立。同年开始招生，学校从全省各地征调及聘任一批经验丰富的中医担任教师。
1957年，经上级批准，学校在三元里择地，新建校址。
文化大革命开始后，学校停止招生，校名改为“广东中医学院”。
文化大革命结束后，学校恢复了“广州中医学院”的名称。
1978年开始招收研究生，是全国最早招收研究生的高等学校之一。
1992年，中国自然辩证法研究会与《医学与哲学》社在广州中医药大学举办首届全国中西医学比较研究学术研讨会，大会上发表了曾邦哲（曾杰）国际上第一篇论系统医学（药学）概念、模型与原理的学术论文。
1995年学校更名为“广州中医药大学”。
2002年，学校成为国家首批开展非医攻博（非医学专业本科毕业生攻读中医学博士学位）试点工作的单位之一。
2003年，在抗击非典的战斗中，学校一附院、二附院被评为“广东省抗非典先进单位”，尤其值得一提的是，一附院实现了“病人零死亡，医务人员零感染”。二附院两位女专家受聘到香港协助治疗“非典”，这是第一次在香港公立医院使用中医药。
2004年，学校主体进入大学城。
2005年，学校首次承担“973”计划项目，邓铁涛教授出任首席科学家。
主要院系中药学院、经济与管理学院、针灸推拿学院、医学院、基础医学院
现任校长：黄斌
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