1997年，安徽省人民政府批准由安徽三联投资集团筹建三联学院。
1999年，教育部批准三联职业技术学院成立，是安徽省最早举办的民办高等院校。
2006年通过教育部高职高专人才培养水平评估和安徽省普通高校思想政治教育工作评估。
2008年4月，教育部批准在三联职业技术学院的基础上成立普通本科高校安徽三联学院。
2008年5月安徽省红十字会中等卫生职业学校正式加盟，2009年4月，正式组建二校区，2009年7月，安徽三联汽车专修学校正式筹建

根据2014年8月学校官网显示，学院设有交通工程学院、外语学院（英语系、日语系）、计算机工程学院、电子电气工程学院、商学院、人文经济学院、艺术学院和护理学院，以及思政部、基础部、体育部、图书馆、基础实验教学中心、三联培训中心等教学单位。

现任校长：金会庆
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