安徽农业大学起源于1928年（中华民国17年）创立于安庆的省立安徽大学，
  安徽农业大学历史沿革图
省立安徽大学是在国民革命的风云中，顺应安徽高等教育形势发展需要的结晶，是民国初年安徽境内唯一的高等学府。
1939年抗日战争形势严峻，原省会安庆沦陷，省立安徽大学被迫停办。
1946年国民政府决定复建省立安徽大学，并改省立为国立，改称国立安徽大学，决定由朱光潜任筹备会主任。国立安徽大学有“于京沪一带，仅次于上海同济大学”之誉，直属于当时的中华民国教育部。
1949年夏，长江洪水泛滥，国立安徽大学校园被淹，国立安徽大学从安庆迁至芜湖。
1954年国立安徽大学接国家政务院决定和华东行政委员会高教局通知决定：撤销安徽大学校名和建制，其所属农学院、师范学院分别独立为安徽农学院、安徽师范学院。
1954年8月，安徽省政府决定安徽农学院由芜湖迁至合肥新校址办学。
1995年9月，安徽农学院经国家教育委员会批准更名为安徽农业大学。
1998年被国务院批准为博士学位授权单位。
2010年10月，学校被教育部列为接受中国政府奖学金来华留学生院校，成为安徽省五所具有公费来华留学生接收资格的高校之一。
2011年6月，学校在安徽省整体进入本科一批招生，并相继在江西、河北、山西、贵州、西藏、宁夏、重庆等多个省份（市）进入一本批次招生。
2011年12月，中华人民共和国农业部与安徽省人民政府签署了《关于合作共建安徽农业大学的协议》，安徽农业大学进入省部共建大学行列，享受直属高校待遇。
2012年学校被国家列为“小211工程”（中西部高校基础能力建设工程）重点大学（中西部100所，安徽省6所之一），成功进入继985工程、211工程后国家第三次重点高校建设工程行列。
2012年7月，经教育部和科技部批准成为国家首批建设“高等学校新农村发展研究院”的十所高校之一。
2012年5月 ，英国《自然》杂志发布了《自然出版指数2011中国》报告中，该校在中国科研机构基础研究实力排名中位列中国区科研机构排名第66位，安徽省高校中位居第3位（仅次于中国科学技术大学、安徽医科大学），成为科研实力“中国百强高校”。
2012年12月，学校年度科研经费达到1.18亿元，首次突破亿元。
2013年11月，安徽省出台高等教育振兴计划，安徽农业大学成功入选全省首批有特色高水平大学建设项目四所立项建设高校之一，获得5000万元的专项资金资助。
  国家林业局和安徽省政府共建安徽农业大学
2014年3月，国家林业局与安徽省人民政府合作共建安徽农业大学签字仪式在国家林业局举行。
安徽农业大学成为目前安徽省唯一一所省政府与国家两个部委共建高校

农业建筑环境与能源工程、农林经济管理、生态学、园林、水产养殖学、生物技术、生物科学、设施农业科学与工程、食品质量与安全、社会工作、艺术设计、信息与计算科学 等

现任校长：程备久
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