集美航海学院
该校前身是民国9年（1920）创办的集美学校水产科，几经变迁，由水产科到水产部、水产航海部、高级航海学校、水产航海职业学校、高级水产航海职业学校。1958年分为水产学校和航海学校。“文化大革命”期间，航校曾并入厦门大学海洋系，1972年重办集美航海学校。1978年升格为集美航海专科学校（大专）。1989年改办集美航海学院。
厦门水产学院
该校前身为1972年5月上海水产学校迁来集美办的厦门水产学院，隶属国家水产总局和福建省双重领导，以水产总局为主。国家农牧渔业部成立后，成为部属16所高等农业院校之一。1979年5月上海水产学院恢复，部分专业迁回上海，厦门水产学院仍继续在厦门办学。
福建体育学院
该校前身是1958年在福州创办的福建体育专科学校。1959年7月，改为福建体育学院，1962年停办。1974年在厦门集美原“航海俱乐部”基础上创办福建体育学校。1978年12月经国务院批准，福建体育学校扩建为福建体育学院。
集美师范高等专科学校
该校前身是1958年以集美师范为基础创办的厦门师范专科学校，校址在鼓浪屿田尾路。1960年改名为厦门师范学院。1963年秋，该校并入设在漳州的福建省第二师范学院。1975年复办厦门师范大专班。1979年4月重新成立厦门师范专科学校，校址在集美；1980年8月，经福建省政府批准，改名为集美师范专科学校。1994年10月并入集美大学后改名为师范学院。
集美财经高等专科学校
该校前身是陈嘉庚在民国9年（1920）创办的集美学校商科，以后逐步发展，先后改名为集美商业学校、集美高级商业职业学校、集美财经学校、集美轻工业学校（院）、福建财经学校。1984年4月经福建省政府批准，升格为集美财政专科学校，为省属高等专科学校 。
合并建校
1994年，在原集美航海学院、厦门水产学院、福建体育学院、集美财经高等专科学校和集美高等师范专科学校等五所高校的基础上合并组建集美大学。
2003年，集美大学诚毅学院（独立学院）成立。2004年，原鹭江职业大学（附属中专学校）-厦门工业学校并入集美大学，被福建省人民政府确定为福建省重点建设的高校之一。
2008年，学校以“优秀”成绩通过了教育部本科教学工作水平评估。2013年2月2日，学校通过省学位委员会组织的新增博士学位授予单位立项建设整体验收；7月19日，国务院学位委员会发文正式批准该校成为新增博士学位。
截至2013年9月，该校有集美大学财经学院、集美大学工商管理学院、集美大学水产学院、集美大学生物工程学院、集美大学体育学院、集美大学财经学院、集美大学教师教育学院、集美大学工商管理学院、集美大学信息工程学院、集美大学计算机工程学院、集美大学机械与能源工程学院、集美大学理学院、集美大学外国语学院、集美大学政法学院、集美大学文学院、集美大学工程技术学院、集美大学成人教育学院、集美大学海外教育学院、集美大学音乐学院、集美大学美术学院等20个二级学院，另设有1个独立学院——集美大学诚毅学院
现任校长：苏文金
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