发端
南洋公学
1896年，刑部左侍郎李端棻上奏《推广学校》一折，建议自京师以及各省府州县皆设学堂。
1986年3月，由清代著名翻译、近代小学教学方法改良的先行者钟天纬开办的三等公学开学。盛宣怀将上海电报局总办经元善捐出的高昌庙经正书院旧屋暂借给钟用作该校校舍。钟天纬于当日发布启示，先开蒙馆三塾，将来待经费许可，再开设六塾，将学有成效者，送南北洋大学堂。9月得到盛宣怀批准，由电报总局拨助常年经费洋1000元办学。盛宣怀在上海乘船去江宁府向两江总督刘坤一禀明，拟在上海捐购基地筹款开办新式学堂——南洋公学及银行、铁路、纺织等事宜。
10月，盛宣怀向清朝政府正式上奏《条陈自强大计折》，附奏《请设学堂片》，禀明两江总督刘坤一，拟在上海捐地开办南洋公学，经费由轮电两局捐输，聘请何嗣焜出任总理。12月得到光绪准允。至此，标志南洋公学正式创立。因学堂地处南洋（当时称江、浙、闽、广等地为南洋），参考西方学堂经费“半由商民所捐，半由官助者为公学”，故定名为南洋公学。
1897年3月6日，借上海徐家汇民房一所作校址，“南洋公学”正式开学；4月，委任何嗣焜为南洋公学总理（即校长）。
初建时以培养高端法政人才为办学目标，先设师范院、外院、中院、上院四院，继设铁路班、特班、政治班、译书院、东文学堂等，体制完备，规划宏远，创开了我国近代教育的新风气。
1905年，学校改隶商部，改校名为商部上海高等实业学堂，始以培养高级工程技术与管理人才为目标。1906年秋，学校工科之始——铁路工程班成立。
1907年改隶邮传部，易校名为邮传部上海高等实业学堂；10月，学校设立的第一个工程专科，即学制3年的铁路专科正式成立。1908年夏，增设电机专科，为中国高等学校最早设立之电机系科。
1909年，航海专科成立，且于1911年改为商船学校。
1910年，建立电机实验室。同年秋，定“勤、俭、敬、信”四字为校训。
1911年，在辛亥革命的高潮声中，唐文治宣布学校改名为南洋大学堂，监督改称校长。此时期学校经费困难，唐文治提出自己减薪一半，师生同心，以维持教学。唐文治还著《人格》一书作为国文教材。此时期孙中山莅校演讲，全校师生共同致力于兴建中国实业。
茁壮
交通部上海工业专门学校
1912年秋，学校归交通部直辖，改校名为“交通部上海工业专门学校” ；学校虽几度更名，但坚持培养交通实业专才的宗旨不变。
1918年3月，学校又增设铁路管理科。
1919年7月，侯绍裘成立南洋义务学校。
交通大学
1920年12月14日，交通总长叶恭绰以“交通要政极需专材”为由，提交国务会议议决，将北京邮电学校、北京铁路管理学校、唐山工业专门学校及上海工业专门学校合并，改称“交通大学”。
1922年4月8日，叶恭绰校长电示“今日为交通大学成立纪念日，放假一天”。
1922年由于政局变动，叶恭绰出走；7月21日，交通大学正式分为两校，改名交通部南洋大学和交通部唐山大学。此后校长多次变换，直到1924年底凌鸿勋再次任校长，学校才有了进一步的发展。此时期仍设置电机、机械和铁路管理三科，而土木科已调归唐山学校。学校在此期间又新建成体育馆和调养室，并创办了中国高校最早的工业研究所。
交通部第一交通大学
1927年，北伐胜利，北洋政府垮台，南京政府成立。国民政府交通部接管南洋大学。学校改组为第一交通大学，设立校务委员会。并第一次招收女生，实行男女同校。附中、附小脱离学校，另组私立南洋模范中小学。
1928年2月，国民政府任命蔡元培为1927年9月7日改名为“第一交通大学”的校长。[8]
国立交通大学上海本部
1928年10月，南京国民政府改组，增设铁道部。学校移归铁道部管辖，将设在上海、唐山、北平三处的交通大学各学院合并，统称铁道部交通大学，分上海本部、北平铁道管理学院和唐山土木工程学院。校长由铁道部部长孙科兼任，副校长由黎照寰兼任。不久，黎又被任命为专职校长。这样就把“部（铁道部）、路（铁路）、校（交大）联成一贯”，形成“部校合作”体系和“建教合作精神”，“校中师生均得安心教读，勤求学业，蔚成良善校风”。
这一时期学校经费充裕，校舍建设和系科建设都得到较快发展，校园面积也扩大到近500亩。期间，先后成立了科学学院、管理学院、土木工程学院、机械工程学院、电机工程学院和中国文学系、外国文学系，由此形成了以工为重点，理为基础，兼重管理的教学体系。这一时期学校发展迅速，特色明显，成绩显著，影响深远，广大校友称之为新中国成立前学校发展历史上的“黄金时期”。
1937年8月1日，学校划归教育部。八·一三事变爆发后学校迁至上海法租界继续办学。
国立交通大学重庆总部
日军侵占上海租界后，交通大学总部从上海转移到重庆九龙坡。此时期，交大开展院系建设。重庆商船专科学校并入交大组建造船等新专业，创办电讯研究所。学校规模扩大，教学设施、条例逐步完善。
国立交通大学
1945年10月，抗战胜利后，重庆交大总校师生分批复员上海。
1946年，国民党挑起内战，沪校与渝校会合，增设电信管理、电信技术两专修科。[11] 广大师生投入到反对内战的斗争之中。在通货膨胀、经济困难与白色恐怖之中，学校仍坚持改进教学，并增设电信管理、电信技术两专修科。
1949年5月27日，中国人民解放军解放上海，并于同年6月15日接管交通大学。交通大学部分校友迁至台湾后“复校”，这就是后来位于新竹的“国立交通大学”。[12]
交通大学
上海解放后，交大师生员工以极大的热情投入到教学以及中华人民共和国的建设事业之中。学校在华东教育部领导下，明确交大是理、工、管理类大学，其任务是为新中国培养建设人才。1952年全国进行大规模院系调整，交大由10个系、1个专修科调整为机械、电机、造船3大类、7个系；开办工农速中和工农调干生班、开展学习苏联经验的教学改革，走按专业培养专门人才的道路。
1953年恢复招收研究生。
1955年，交通大学迁往西安。1956年7月1日，上海造船学院在交大现址成立。
1957年6月，国务院、高教部批准交大分设西安、上海两部分。
新程
上海交通大学
1959年7月31日，国务院批准交通大学上海部分、西安部分分别独立为两所学校。 1959年，经国务院批准，交通大学上海部分正式定名为上海交通大学。
1961年2月6日，中央决定上海交大划归国防科委直接领导，同时受教育部及上海市委领导。
1970年2月15日，学校划归第六机械部领导。
1982年9月17日，教育部、中国船舶工业总公司下达通知：国务院已正式批准，将中国船舶工业总公司所属上海交通大学移交给教育部领导，实行教育部与上海市双重领导以教育部领导为主。
1984年，邓小平同志亲切接见了上海交通大学学校领导和师生代表。
1984年6月10日，上海交大列为国务院批准的第一批国家重点发展的高等院校。
1996年，学校被列入211工程重点建设。
1999年7月，进入985工程；同年9月1日，学校隆重举行庆祝上海农学院并入上海交通大学暨上海交通大学农学院成立大会。
2005年，上海第二医科大学并入
专业一览
船舶海洋与建筑工程学院 海洋工程类
土木类 船舶与海洋工程交通运输
土木工程工程力学
建筑学（五年制）
机械与动力工程学院 机械类 机械工程能源与动力工程
工业工程核工程与核技术
新能源科学与工程
机械工程（国际化人才培养试点班） 机械工程与自动化试点班
热能与动力工程试点班
电子信息与电气工程学院 电子信息类 自动化信息工程电子科学与技术
计算机科学与技术测控技术与仪器
电气工程及其自动化
电子信息科学与技术（IEEE本硕连读试点班）
信息安全工程学院 信息安全
软件学院 软件工程
微电子学院 微电子科学与工程
材料科学与工程学院 材料科学与工程
数学系 数学与应用数学
物理系 物理学类 物理学应用物理学国际化人才培养试点班
化学化工学院 化学类 化学工程与工艺应用化学
环境科学与工程学院 环境科学与工程
生命科学技术学院 生物技术 生物技术生物工程生物科学
生命科学与技术基地班（六年）
生物学理科基地班生物-信息贯通试点班
生物医学工程学院 生物医学工程 生物医学工程生物医学工程本硕贯通试点班
农业与生物学院 自然保护与环境生态类 园林资源环境科学
食品科学与工程动物科学
植物科学与技术
药学院 药学
人文学院 汉语言文学（文）
安泰经济与管理学院 经济学类（文、理） 金融学国际经济与贸易经济学会计学
凯原法学院 法学（文、理）
国际与公共事务学院 公共管理类（文、理） 行政管理
媒体与设计学院 传播学（文、理）
工业设计
广播电视编导（文、理）
设计学类（艺）
公共事业管理（文）
外国语学院 英语（文、理） 英语（金融、商务）涉外法律事务贯通试点班
日语（文、理）
德语（文、理）
交大密西根学院 机械类（交大密西根学院）
电子信息类（交大密西根学院） 机械工程电子与计算机工程
航空航天学院 航空航天工程
致远学院 从优秀新生中选拔,进入“基础学科拔尖学生培养试验计划” 数学班物理学班生命科学班化学班
计算机科学班（原ACM班）
数学系、安泰经济与管理学院 理科试验班类（数学-金融贯通试点班） 数学-金融本硕贯通试点班
电子信息与电气工程学院、安泰经济与管理学院 工科试验班类（工科-管理贯通试点班） 工科-管理本硕贯通试点班
交大-巴黎高科卓越工程师学院 机械类（交大-巴黎高科卓越工程师学院）
电子信息类（交大-巴黎高科卓越工程师学院） 机械工程信息与通信技术能源与动力工程
现任校长：张杰
