1981年，北京交大成为中国首批博士、硕士学位授予单位，相继批准可自行审定副教授、教授及博士生导师任职资格。1985年，北京交大建筑系复系，恢复本科招生，1991年改学制为5年。
1994年，学校通过铁道部组织的“211工程”部门预审，成为进入“211工程”建设的高校之一。1995年，北京交大法律系复系。1997年，学校“211工程”建设项目可行性研究报告通过铁道部专家评审。1998年，国家计委批准学校成为在“九五”期间启动“211工程”建设的中国61所高校之一。
2000年，原北京电力高等专科学校并入，学校从铁道部划归教育部直属管理。2003年，学校恢复使用“北京交通大学”校名。2008年，学校成为“985工程优势学科创新平台”项目重点建设高校。
2012年5月，教育部、铁道部、北京市人民政府在北京签署共建北京交通大学协议，北京交大实现新一轮“两部一市”共建。[4]
2013年4月，由北京交通大学独立牵头的“2011计划”“轨道交通安全协同创新中心”通过教育部认定，成为国家首批认定的14所中心之一。
主要院系:电信学院、交通运输学院、土木学院、电气学院、机电学院、经济管理学院等
