哈尔滨学院的筹建始于1999年，当年5月，黑龙江省教委派出专家组对原哈尔滨师范专科学校、哈尔滨大学、哈尔滨教育学院、哈尔滨成人教育学院、哈尔滨师范学校进行了实地考察。按照国家关于高等院校管理体制改革的“共建、调整、合作、合并”的精神，为加快哈尔滨高等教育体制改革步伐、优化教育结构、合理配置教育资源，确保科教兴市战略的实施，更好地满足哈尔滨市社会经济和基础教育发展对人才的需求，专家组提出了关于组建哈尔滨学院的报告。
1999年6月，黑龙江省人民政府向教育部报送了《关于申请组建哈尔滨学院的函》。2000年3月22日，国家教育部下发《关于同意建立哈尔滨学院的通知》，同意上述“三校两院”在合并基础上正式组建成立哈尔滨学院。同年5月25日，黑龙江省政府下达《关于建立哈尔滨学院的批复》。2006年3月，哈尔滨市财经学校并入哈尔滨学院。
原“四校两院”均为哈尔滨市所属，其中哈尔滨师范学校前身为1934年成立的北满特别区师范学校，哈尔滨师范专科学校成立于1978年，哈尔滨大学成立于1983年，哈尔滨市教育学院和成人教育学院分别成立于1950年和1987年，哈尔滨市财经学校创建于1980年 。
院部设置
截至2014年5月，该校设有工学院、教育科学学院、经济管理学院、理学院、人文学院、软件学院、体育学院、外语学院、艺术与设计学院、政法学院等10个二级学院，思想政治理论课教学科研部等1个教学科研部 。
现任校长：胡永昌
