1937年12月31日，成立国立贵阳医学院筹备委员会，并任命李宗恩为筹备委员会主任委员。
1938年1月1日筹委会在汉口建立，教育部加聘张志韩（原任贵州省教育厅厅长）和杭立武（在教育部任职）二人为筹备委员。
1938年3月1日国立贵阳医学院宣告成立，教育部正式聘任李宗恩博士为院长。
1947年7月，李宗恩院长调任北京协和医学院院长，教育部另任朱懋根教授为院长。此时的贵阳医学院为全国仅有的九所国立医学院校之一。
1950年12月24日根据国家统一规定更名为“贵阳医学院”，划归贵州省人民政府管理。
据2014年学校官网显示，学校设有20个教学单位（基础医学院、临床医学院、药学院、公共卫生学院、成人继续教育学院、研究生院、护理学院、医学检验学院、医学影像学院、口腔医学院、运动与健康学院、医药卫生管理学院、医学人文学院、海外教育学院、外国语学院、社会科学教学部、法医学系、麻醉学系），截至2013年底，有直管附属医院7所（在筹中1所）。
现任校长：何志旭
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