光绪三十二年（1906），时任两江总督的端方上书光绪皇帝，请求允许“南洋各岛及檀香山、旧金山等处侨民”回南京读书，以“宏教泽而系侨情”。经过筹备，校址被选在南京薛家巷妙相庵。该处地居南京城中央，鼓楼之南，唱经楼之北，西北紧邻金陵大学。
1907年3月23日，暨南学堂正式开学。首批学生21人，全部是爪哇归国的侨生，原籍大部分为广东。1907年8月28日，巴达维亚中华会馆董事潘立斋、梁映堂又护送10名侨生到达南京学习。1908年5月，南洋各岛第三批46名侨生抵达南京。
早期的暨南学子年龄一般在十三四岁，远离家乡和父母，远涉重洋，负笈祖国，年龄幼小，生活自理能力不足，加之来到语言习惯和生活环境相当陌生的地方，普遍会难以适应。因此，学堂采取“家庭学校制”，所有设备，均仿家庭之布置，管理学生，亦按各生之习惯，视其不良者，矫正之。两江总督端方对侨生多方照顾，极为优待，规定侨生除了自备衣物和零用钱外，学费和食宿费一概豁免。每年另外发放冬夏两季制服。学堂还为侨生免费医病。
1911年10月，武昌首义，各省纷纷响应。驻守南京的张勋领着“辫子军”攻进南京城后，曾运来大炮对着暨南学堂。学堂赶紧把学生送到上海避难，大部分侨生返回南洋，小部分参加了革命军，而暨南学堂也因此停办。
民国初年，袁世凯窃据大总统宝座，由于惧怕革命党威胁其政权，担心“暨南都是些革命党”，因而对暨南复办一事态度消极。导致当时的大多数华侨青年或失学海外，或滞留内地，或流离失所。
时教育界的知名人士和海外华侨强烈要求政府尽快恢复暨南学堂。不但暨南的侨生发出复校的要求，就连任职于交通部航政司的司长雪兰莪和华侨代表叶兆菘等人也于1912年联名具呈教育总长，他们认为，光绪末年开办的暨南学堂功不可没，“自丁未南京有暨南之设，侨情始与内地相洽，迄今五年，而荷政府之对待我侨民者与昔遂异：昔之不准立小学者今亦听我立小学矣；昔之不准设中学者，今且听我立中学矣。”
1917年，战事稍停。11月1日，教育部终于批准恢复暨南学堂，并委派江苏教育司司长黄炎培为筹办员。1918年3月1日，暨南学校补习科正式开课。学校正式更名为“国立暨南学校”。1918年5月，学校研究后决定变通章程，并呈报北洋政府教育部：“凡国内高等小学毕业，其父兄或保护人现在南洋经营商业者，又师范科华侨学生有缺额，而国内学生有赴南洋为教师之志愿，且具有相当资格者，均得适用入学手续，准予入学试验。”
1923年，为了适应学生的增多，并创建大学部，暨南学校从南京迁到上海的真如。1927年6月，在赵正平和姜琦之后，郑洪年继任暨南校长。担任暨南学校校长后，郑洪年力主将商科改为商学院，并在此基础上增加农学院、文哲学院、自然科学院、社会科学院和艺术院五门，将暨南学校扩充为当时唯一的华侨大学——国立暨南大学。1938年，暨南大学迁到上海公共租界。1941年12月8日，太平洋战争爆发，上海租界为日本军占领，暨南大学又播迁到福建建阳。
1945年8月，抗战终于胜利。暨南大学开始着手迁回上海的事宜。何炳松惨淡经营，呕心沥血，都要找到合适的校址了，却被一纸调令发到国立英士大学当校长。他曾给学生阮毅成发过电报，称“不得已力疾拜命”，准备鞠躬尽瘁了。但因长期劳累过度，1946年7月病逝于上海，时年56岁。暨南大学复员回沪后，受内战影响，侨生比例非常低。
1949年，暨南大学只有20余名教职员和40余名学生追随时任校长的李寿雍去台湾。1949年6月，暨大被接管。7月12日，暨大教授陈炳相向军管会要求取消人类学系，理由为人类学所教内容“为反动课程”，学生人数极少，且“多要转系”。8月20日，上海市军事管制委员会发表军教字第一号命令，将暨南大学恢复为华侨高级学府，原有文、法、商及理学院分别并入复旦及交通大学，地理学系并入南京大学（前身为中央大学），人类学系并入浙江大学。暨南大学暂时停办。
1958年，在时任广东省委第一书记的陶铸大力扶持下，暨南大学得以重建。陶铸担任了重建后的第一任校长。1966年，“文革”开始，暨南大学停止招生，但学校里还有1000多人。1970年1月，林彪想把第一军医大学搬到广州，取代暨南大学，就口头上称国务院同意将“房子已经空起来”的暨南大学转交给军方。2月，口头通知暨南大学革委会，宣布撤销暨南大学，并在2月12日确定了搬迁计划。5天后，《关于撤销暨南大学的请示报告》才被起草。到3月5日，广东省革委会才正式下发撤销暨南大学的通知。
1978年4月17日，国务院批转了教育部、国务院侨务办公室《关于恢复暨南大学、华侨大学有关问题的请示》。10月，暨南大学再度复办。1979年，学校开始招收和培养研究生。1996年6月，暨南大学成为全国面向21世纪重点建设的大学（211工程）。2007年，在教育部组织的本科教学工作水平评估中，学校被评为优秀 。2011年4月16日，国务院侨办、教育部、广东省人民政府三方签订了部部省共建暨大协议；2011年7月6日，研究生院挂牌成立；番禺大学城新校区获国家发改委批复；获批“985工程优势学科创新平台”。2012年5月19日，番禺新校区正式奠基 。
截至2014年7月，学校设有暨南大学国际学院、暨南大学文学院、暨南大学外国语学院、暨南大学新闻与传播学院、暨南大学艺术学院、暨南大学经济学院、暨南大学管理学院、暨南大学创业学院、暨南大学公共管理学院/应急管理学院、暨南大学法学院/知识产权学院、暨南大学国际关系学院/华侨华人研究院、暨南大学理工学院、暨南大学信息科学技术学院、暨南大学生命科学技术学院、暨南大学医学院、暨南大学第一临床医学院、暨南大学第二临床医学院、暨南大学药学院、暨南大学华文学院、暨南大学人文学院、暨南大学翻译学院、暨南大学国际商学院、暨南大学电气信息学院、暨南大学深圳旅游学院、暨南大学教育学院、暨南大学环境学院、暨南大学租赁学院等27个学院、59个系，以及体育部、暨南大学四海书院。
现任校长：胡军
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